㈡ 计划财务审计科。
提出自治州水利建设资金、水利前期费规模以及年度安排建议计划；承担水利统计工作；组织编制自治州水利部门预算、决算，承担水利资金管理使用、水利工程管理的审计监督工作；承担机关并指导所属单位财务、国有资产监管和内部审计工作；提出有关水利价格、收费、信贷的建议；指导水利行业财务会计工作。
㈢ 水政水资源科。
承办部门、地区及兵地之间水事纠纷的协调和仲裁工作；负责水利行政许可工作并监督实施；负责部门法制工作；组织水资源调查、评价和监测工作；指导水量分配、水功能区划和水资源调度工作并监督实施；组织编制地下水开发利用保护规划、水功能区划、水资源保护规划并监督实施，核定水域纳污能力，提出限制排污总量建议，指导入河排污口设置工作；指导饮用水源保护、城市供水水源规划、城市污水处理回用等非传统水资源开发工作；指导城市水务建设和管理；指导计划用水和节约用水工作；组织指导节水型社会建设工作；指导凿井工作；发布自治州水资源公报。
㈣ 水利建设科。
指导河湖及河口、滩涂的治理和开发；组织实施河道采砂管理工作；指导水利工程建设与运行管理；指导水利建设项目的主体工程开工审批、蓄水安全鉴定、验收、后评价等；组织具有控制性或跨流域、跨区域的重要水利工程建设的监督；负责水利行业工程质量、造价、监理的管理工作；负责管理水利建设市场，监督指导市场准入；负责水土流失综合防治工作，组织编制自治州水土保持规划并监督实施；指导水土保持重点工程建设工作，组织水土流失的监测、预报和公告；负责开发建设项目水土保持方案的审批、监督实施及水土保持设施的验收工作；组织水土保持设施补偿费和水土流失防治费的征收及监督使用；研究提出自治州农牧区水利发展规划；指导自治州农田水利（含牧区水利）基本建设、乡镇供水、农村饮水安全、节水灌溉等工程建设与管理；拟订大、中、小型灌区及灌排骨干工程发展规划和更新计划；指导自治州农村水利社会化服务体系建设。
纪检（监察）组：负责机关和直属事业单位党的纪律检查和行政监察工作。
四、人员编制和领导职数
自治州水利局机关行政编制13名，其中：县级领导职数4名（含纪检组长），内设机构科级领导职数6名（含机关党委专职副书记1名）。
