部门预算由机关预算和下属单位预算组成。各委、办、局负责编制部门预算，并组织、管理所属单位预算编制工作。部门预算按照“二上二下”程序编制，即先由部门编制预算建议数，报经分管区领导审核后，报送区财政局；区财政局在财力预测基础上综合平衡各部门预算后，下达预算控制数；部门根据预算控制数编制部门预算草案，报经分管区领导批准后，报送区财政局；区人代会审议批准区级预算后，区财政局向各部门下达年度预算指标。
部门预算实行预算内外统筹平衡管理机制，各部门、单位预算外资金（非税收入）全部纳入部门预算统筹平衡，历年节余资金原则上全部纳入部门预算统一平衡（经财政部门批准后，可按一定比例留作预算执行周转金）。
鉴于预算编制时间逐步提前，为确保相关工作顺利推进和年度预算平稳执行，在细化预算基础上，部门预算在财政下达的控制数内，按项目支出的一定比例留作待分配预算，以统筹平衡预算执行中的增支事项。
（五） 政府专项基金预算
政府专项基金（资金）是促进新区经济社会发展的具有专门用途的专项资金。政府专项基金（资金）由区财政局根据新区经济社会发展需要，报经区政府批准后设立。政府专项基金（资金）预算与部门预算同步编制，并纳入财政总预算统筹平衡；有关项目涉及预算单位的，应纳入部门预算综合反映。
（六） 国资经营预算
根据《
预算法》有关规定，为进一步提高政府预算统筹平衡能力，按照《浦东新区国有资产经营预算管理暂行办法》，在保持国有资产经营预算相对独立的前提下，将国有资产收益和相关支出安排纳入财政总预算统筹平衡。
（七） 转移支付
为促进经济社会统筹均衡协调发展，新区分别建立区级、功能区域两级转移支付。转移支付由区财政局与功能区域及相关部门采用因素法分配，主要用于均衡地区间的公共服务差异、解决历史遗留问题、弥补财力薄弱地区公共基本支出及其他特殊事项。转移支付分配计划与年度预算同步编制，报分管区领导审核，并经区长审定后执行。
二、 预算执行
（一） 预算指标
年度预算经区人代会审议批准后，区财政局下达部门预算、政府专项基金（资金）、国资经营预算收支指标。区财政局根据年度预算指标，结合经济社会发展的需求，制定分月拨款计划，并按计划拨付资金。各部门、各单位根据财政下达的预算指标执行，原则上不予追加预算指标。
（二） 指标平衡
