（五）依法管理宗教事务，依法保护公民宗教信仰自由和正常的宗教活动。指导各区政府宗教事务部门依法履行职能、处理宗教事务重大事件，防范利用宗教进行的非法、违法活动，抵御境外利用宗教进行的渗透活动，指导和帮助宗教界开展对外及对港澳台地区的宗教交往活动。
（六）指导宗教团体依法依章开展活动，加强自身建设，培养、培训宗教教职人员，办好宗教院校，引导宗教界开展与社会主义社会相适应的各项活动，发挥宗教界和信教群众在促进经济社会发展方面的积极作用。
（七）依法依章管理民间信仰活动及场所，对涉及民间信仰的重大问题进行调研并提出建议，协助各区政府及时处理民间信仰方面的重大问题，指导基层民族宗教事务部门做好民间信仰活动的管理工作。
（八）负责联系少数民族干部和宗教界人士，协助有关部门做好少数民族干部的培养、选拔和使用工作。
（九）承办市委、市政府交办的其他事项。
三、内设机构
根据上述职责，市民族与宗教事务局设5个内设机构：
（一）办公室
负责局机关文秘、党建、精神文明、信息、网站、信访、档案、机要、保密、保卫、接待、财务、后勤、办公自动化建设和国有资产管理等工作；综合协调局机关的行政事务，督促、反馈重要事项的落实；牵头负责政府信息公开、机关效能建设及民族宗教普法工作；负责局机关及所属单位的机构编制、人事管理和干部教育工作；负责局机关离退休干部的服务和管理工作。
（二）业务一处
负责佛教事务管理工作，研究并提出政策建议；指导佛教团体加强自身建设，依法依章开展工作，培养、培训宗教教职人员；指导闽南佛学院加强政治教育和管理工作；联系佛教界人士；监督检查佛教活动场所的管理情况；指导基层宗教事务部门依法对佛教事务进行管理；指导佛教界开展对外及对港澳台地区的交往活动。
（三）业务二处
负责天主教、基督教事务管理工作，研究并提出政策建议；指导天主教、基督教团体加强自身建设，依法依章开展工作，培养、培训宗教教职人员；指导市基督教青年会、基督教女青年会开展工作；联系天主教、基督教界人士；监督检查天主教、基督教活动场所的管理情况；指导基层宗教事务部门依法对天主教、基督教事务进行管理；指导天主教、基督教开展对外及对港澳台地区的交往活动。
