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市经信委、市国资委：负责归口管理企业防汛防台抗旱工作的监督管理。市经信委同时负责灾区重要商品市场运行和供求形势的监控，负责协调防汛防台抗旱救灾和灾后重建物资的组织供应。
市住建委：负责建筑工地、风景名胜的防汛防台安全生产监督管理；协助当地政府做好危房居住人员的安全转移，参与村庄整治、农房防灾减灾等工作；负责做好城建系统防台、防风、防涝工作，指导、监督物业公司做好防汛防台工作。
市水利局（市珊溪水利枢纽管理局）：承担市防汛指挥部的日常工作，负责组织、协调、监督、指导全市防汛防台抗旱的日常工作；负责水工程安全的监督管理，负责重要江河和水工程的防洪抗旱调度，及时提供雨情、水情、旱情信息及水利灾情；负责水资源的调配，组织指导水工程抗洪抢险工作和水毁防洪工程的修复。
负责珊溪水利枢纽工程的防汛抗旱工作，做好水库调度运用；负责珊溪水利枢纽工程涉及防洪方面公共安全的各建筑物、附属设施的安全运行和管理。
市教育局：负责学校防汛防台安全的监督管理，指导学校开展防灾减灾知识宣传，提高师生防灾减灾意识和自救能力。
市公安局：负责维护防汛防台交通、抗洪抢险秩序和灾区社会治安工作；防汛防台紧急期间，协助组织群众撤离和转移；打击盗窃、抢劫防汛防旱物资和破坏水利工程设施的犯罪行为，做好防汛防旱的治安和保卫工作。
市监察局：负责监督检查各级各部门及其工作人员执行防汛防台纪律、决策、命令等情况，对执行不力、失职、渎职造成后果的，依法依纪实行责任追究。
市民政局：组织、协调全市水旱灾害的救助和救济工作，负责救灾捐赠工作；及时向市防汛指挥部提供水旱灾情信息；指导灾区各级政府做好群众的基本生活保障工作；负责避灾安置场所的指导和监督。
市财政局：负责及时筹集和下达防汛防旱专项资金，并加强资金使用的监督管理。
市规划局：负责本系统防台抗洪抢险工作；加强城乡规划的监督、管理，协调各类专项规划与防洪规划的关系，协助防汛、水利等部门落实基础设施规划中有关防洪功能的规划，指导沿海农村住房防灾能力普查工作。
市交通运输局：负责督促、指导道路、水上运输企业，港口企业，各级公路部门和交通在建工程的防台避风工作；组织、协调公路、水路防汛防旱抢险重点物资运输；协助海事部门做好防台避风安全水域（锚地）的划定，负责防台避风锚地的建设和维护工作；必要时协助公安、海事部门实施水上交通管制；组织修复水毁公路和及时协调、疏通航道；及时提供交通系统水旱灾害损失情况。
市农业局：负责农业防汛防旱和灾后农业救灾恢复生产技术指导；负责市级抗灾种子储备和区域性应急调用安排。
市卫生局：负责灾区卫生防疫和医疗救护工作，预防控制疾病流行。
市安全监管局：指挥、指导、协调防汛防台抗旱中安全生产事故的应急救援工作。
市环保局：负责本系统防汛防台抗洪抢险工作，做好水质污染的监测和统一监督管理工作。
市城管与执法局：负责城市防台防洪分指挥部日常工作，组织、协调市区防汛防台工作；做好城管系统防汛防台工作。
市林业局：负责做好林区防汛防台抗旱及抢险救灾工作，协助做好汛期漂木管理和防汛木材供应工作。
市海洋与渔业局：负责协助地方政府做好渔船和沿海水产养殖防台避风工作。
市旅游局：负责旅行社防汛防台安全监管，协助建设部门做好旅游景区（点）的防汛防台工作，配合有关主管部门做好星级饭店的防汛防台工作。
市粮食局：负责粮库防汛防台保安工作，协助做好救济粮的发放工作。
市机关事务管理局：负责市行政管理中心防汛工作；负责防汛防台抗旱期间市防汛指挥部的后勤保障工作。
市瓯江口新区开发建设管委会：负责瓯江口新区防汛防台抗旱及抢险救灾工作。
温州经济技术开发区管委会：负责经济技术开发区防汛防台抗旱及抢险救灾工作。
温州生态园管委会：负责生态园区防汛防台抗旱及抢险救灾工作。
温州日报报业集团、温州广电传媒集团：负责及时向公众发布防汛防台抗旱工作部署以及气象、海洋、水文部门发布的台情、汛情、旱情信息，做好防汛防台抗旱工作的宣传报道。
市供销社：负责归口管理企业防汛防台抗旱工作的监督管理；做好抗灾、救灾化肥等农资商品的储备，指导灾区做好农资商品的供应和市场的稳定。
市各财保公司：及时做好灾区投保单位和个人的理赔工作。
市气象局：负责监测预警中心的日常工作，负责台风、暴雨、干旱等灾害性天气的监测、预报和预警；及时提供短期气候预测、中短期天气预报和有关实时气象信息，提供防汛防台抗旱有关气象资料；根据旱情的发展，组织实施人工增雨作业。
市国土资源局：承担市地质灾害应急防治分指挥部日常工作；负责全市滑坡、山体崩塌、地面塌陷和泥石流等地质灾害防治的组织、协调、指导和监督；组织指导地质灾害抢险救灾工作；组织开展地质灾害调查，建立和完善预防预警体系，及时向市防汛指挥部提供山地灾害易发地区分布情况。
温州海事局：承担市水上防台分指挥部日常工作，及时向市防汛指挥部提供各地运输、工程等船舶归港避风数量，及其分布情况；负责组织、协调、指挥温州沿海内港水域、船舶、设施等的防台工作。
电信温州分公司、移动温州分公司：负责防汛防台抗旱工作上情下达、下情上传的通讯保障，承担市防汛指挥部交办的应急预警短信的发送。
温州海洋环境监测中心站：负责温州沿海海洋水文要素的监测工作；及时提供热带气旋、风暴潮以及沿海大浪的预警、预报信息。
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