根据上述职责，自贡市审计局设9个内设机构：
　　（一）办公室
　　负责机关文电、会务、信息、机要、档案、安全、保密、信访、财务、接待以及后勤保障、政务协调、政务公开、督查督办、绩效管理等工作；牵头办理人大代表建议、政协提案工作；负责局机关国有资产管理和行政效能建设工作；制定全市审计信息化工作的规章制度、发展计划、人员信息技术教育与培训规划并组织实施；组织实施全市“金审工程”；负责审计信息化新成果的推广应用和交流合作；负责机关信息化网络建设、管理、维护和安全工作；负责机关电子政务工作和全市审计业务统计工作。
　　（二）法制科
　　组织贯彻执行审计工作的法律、法规、规章、审计准则和指南以及相关制度等；参与研究拟订财政经济方面的政策，提出有关建议；起草我市审计规范性文件，参与制定与审计工作有关的规范性文件并监督执行；制定并组织实施审计工作发展规划、专业领域审计工作规划和年度审计计划；审理有关审计业务事项；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；实施审计行政执法和审计业务质量的监督检查，监督审计决定的执行；承担机关依法行政、行政复议、行政应诉和普法依法治理工作；代管自贡市审计学会，负责联系特约审计员；负责指导、监督内部审计工作。
　　（三）经济责任审计科
　　按规定组织实施对县级党政领导干部和市国有企业及国有控股企业领导人员任期经济责任的审计；组织指导区县审计机关对党政领导干部和国有企业及国有控股企业领导人员的任期责任审计。
　　（四）财政审计科
　　拟订市级预算执行情况的审计总体方案，汇总审计结果；负责审计市级预算执行、其他财政收支及税收征管、市国库办理市级预算资金的收纳拨付情况及区政府、高新区管委会预算执行和决算以及其他财政收支，县政府及其有关部门、单位管理及使用的财政专项资金、市级财政转移支付资金；开展相关专项审计调查。
　　（五）行政事业审计科
　　负责审计市级人大机关、政协机关、审判机关、检察机关、政党组织、社会团体的财务收支；负责审计市政府有关部门及直属单位的财务收支；负责审计市政府主管部门和其他单位受市政府或市政府主管部门委托管理的社会保障基金、社会捐赠资金以及其他有关基金、资金的财务收支；开展相关专项审计调查。
　　（六）基本建设投资审计科
　　负责审计市政府投资和以市政府投资为主的建设项目的预算执行情况和决算及市管国家重大工程项目资金的筹集、使用情况；组织对市管其他国家建设项目和市属国有及国有控股施工企业、房地产业的审计监督；对政府投资的效益进行审计评价；开展相关专项审计调查。
　　（七）企业审计科

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