厦门市民政局负责异地商会的登记审批，研究制定有关政策规定并组织实施，负责对异地商会活动进行指导和检查监督，依法查处违法行为。
第三十五条 各地政府驻厦办事机构在促进两地政府、企业的合作交流工作中具有独特的职能作用。原籍地人民政府在厦门设有办事机构的，该驻厦办事机构应在申请筹备成立异地商会过程中起牵头引导作用。
第三十六条 异地商会实行民主选举、民主决策、民主管理、民主监督的运作机制，以公平、公正、公开的原则协商处理内部事务。全体会员平等，充分享有选举权、参与权、知情权、建议权、监督权等各项权利，入会自愿，退会自由。
第三十七条 异地商会应按国家有关规定，建立健全各项规章制度并认真执行，包括会员管理、会议管理、会费管理、财务管理、公文档案管理、印章管理、信息公开、内部争端裁决、换届选举等制度，确保各项事务处理有章可循，实现自我管理、自我服务、自我协调、自谋发展。
第三十八条 异地商会确需对章程进行修改、调整的，应在报会员（代表）大会审议前，书面征求厦门市经济发展局和厦门市民政局意见。修改的章程需经会员（代表）大会表决通过，经厦门市经济发展局审查同意后，30日内报厦门市民政局核准。
异地商会修改章程未履行规定程序的，厦门市民政局不予受理章程核准。未经核准的章程，不得作为异地商会开展活动的依据，异地商会不应擅自发布。
第三十九条 异地商会会费标准的制定或修改，须经会员（代表）大会无记名投票表决，其决议须经到会会员（或会员代表）半数以上表决通过方能生效。异地商会通过的会费标准决议，应在30日内分别报送厦门市经济发展局、厦门市民政局和财政部门备案。会费收取应使用财政部或省、自治区、直辖市财政部门印（监）制的社会团体会费收据。
第四十条 异地商会理事会在研究决定修改章程、调整会费、变动人事和延长届期等重大事项时，若出现争议，应采取无记名投票表决方式通过有关决定。
第四十一条 异地商会的年度财务会计报告实行注册会计师审计。异地商会在向厦门市经济发展局、厦门市民政局和财政部门报送年度财务会计报告时，应同时报送审计报告。异地商会提供的会计师事务所出具的审计报告，作为厦门市民政局每年年检以及根据需要向社会公开的财务会计报告信息的依据。未经审计的异地商会的年度财务会计报告，厦门市经济发展局、厦门市民政局和财政部门不予接受。
