根据上述职责，市审计局设12个内设机构。

　　（一）办公室

　　负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作，承担有关文件的起草、信息、宣传、信访、财务、行政、计生、党群、安全保卫、综合治理等工作；管理监督机关和所属单位的财务收支情况。负责机关精神文明创建工作，指导全市审计系统的精神文明建设。

　　（二）法规科

　　起草审计工作的规范性文件；审理有关审计业务事项；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；承担机关行政复议、行政应诉等工作。组织实施审计普法教育；编制审计工作规划，安排年度审计项目计划；负责审计信息化建设和统计工作；组织完成上级下达的科研课题任务；承担组织全市审计系统科研课题、优秀审计项目、审计技术与方法的评选和交流；组织对社会审计机构审计的依法属于市级审计机关审计监督对象的单位出具的相关审计报告进行核查；对属于审计监督对象的单位的内部审计工作进行指导和监督。联系特约审计人员；指导全市审计机关的法规工作和审计信息化建设。

　　（三）财政审计科

　　负责审计市级预算执行和其他财政收支情况，拟定市级预算执行情况的审计实施方案，汇总审计结果；负责审计市级财政组织预算执行情况、市地方税务系统税收征管情况、市级国库办理市级预算资金的收纳拨付情况、县（市、区）政府预算执行、决算及其他财政收支情况；负责审计市财政局、地方税务局等部门及其下属单位的财务收支状况；开展相关专项审计调查；指导县（市、区）财政审计业务。

　　（四）行政事业审计科

　　负责审计与市财政有拨缴款关系的市人大、政协机关和政党组织、社会团体的财务收支；负责审计市政府有关部门及直属单位的财务收支；开展相关专项审计调查；指导县（市、区）行政事业审计业务。

　　（五）农业与资源环保审计科

　　负责审计市级主管部门和各县（市、区）政府管理的农业专项资金、资源能源和生态环境保护资金；开展相关专项审计调查；指导县（市、区）农业和资源环保审计业务。

　　（六）固定资产投资审计科

　　负责对市重点建设项目的预算执行情况和决算进行审计监督，对市级政府投资的建设项目预算执行情况和决算进行审计监督；审计市政府有关部门的财务收支；开展相关专项审计调查；指导县（市、区）固定资产投资审计业务。

　　（七）金融审计科

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