被清算企业的投资人（股东）从被清算企业分得的资产应按可变现价值或实际交易价格或评估价值或自行确认的合理的价值确定计税基础。被清算企业的投资人（股东）分得的剩余非货币资产再投资的，非货币资产处置损益明细表可以作为扣除凭据。
2、关于企业清算时债权、债务确认为清算所得、清算损失问题
清算期间，纳税人偿还各类负债时，已无法支付的债务应按规定记入企业的清算所得。
清算时尚未收回的“应收款项”可以确认为清算损失，但应按照《
企业资产损失税前扣除管理办法》规定要求进行审核，如果不符合《
企业资产损失税前扣除管理办法》规定要求的，“应收款项”不应确认为清算损失。
3、关于企业清算所得的申报及CTAIS操作问题
总局已经下发了《国家税务总局关于印发〈中华人民共和国企业清算所得税申报表〉的通知》（国税函〔2009〕388号）文件，规范了新的企业清算所得税申报表及附表，但是Ctais中还没有做好清算所得税申报表的相关操作。因此，企业如果发生清算业务，应按照新税法及相关文件的规定，计算清算所得，填报纸制的清算所得税申报表，到主管税务机关窗口申报，如有清算所得，可以直接通过税票录入开票入库税款。
五、关于企业所得税税收优惠问题
1、关于企业研究开发费用加计扣除问题
企业研究开发费用加计扣除应符合《国家税务总局关于印发＜企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）＞的通知》（国税发〔2008〕116号）文件规定，年初或研究开发前应向税务机关报送项目计划书和研究开发费预算；研究开发专门机构或项目组的编制情况和专业人员名单；企业总经理办公会或董事会关于自主、委托、合作研究开发项目立项的决议文件；委托、合作研究开发项目的合同或协议；由集团公司进行集中开发的研究开发项目，企业集团应提供集中研究开发项目的协议或合同等资料。发生的研究开发费用必须实行专账管理，对于在生产成本或制造费用核算的研究开发费用不得实行加计扣除。对企业未设立专门的研发机构或企业研发机构同时承担生产经营任务的，应对研发费用和生产经营费用分开进行核算，准确、合理的计算各项研究开发费用支出，对划分不清的，不得实行加计扣除。企业申请研究开发费加计扣除时，应向主管税务机关报送研究开发项目的效用情况说明；研究成果报告；在研发支出或管理费用科目归集的研究开发费用情况表；对委托开发的项目，受托方研发项目的费用支出明细情况等资料。
