协办部门回复“不同意”审批意见（附理由）的，规划部门可以根据具体情况决定批准、不予批准或中止主办事项的审批。规划部门认为可以批准主办事项的，应自批准之日起3个工作日内以公函的方式向协办部门说明理由，由此产生的相关责任由规划部门承担；规划部门办理的主办事项依法需要进行听证、检验、检测、鉴定、专家评审、中介机构评估等的，所需时间不计入办理期限，规划部门可决定中止办理，将进行上述事项的依据、内容等书面告知申请人。上述事项完毕后，主办部门应立即恢复办理，并书面告知申请人；规划部门依据协办部门“不同意”审批意见（附理由）作出不予批准主办事项决定，由此产生的相关责任由协办部门承担。
协办部门出具“同意，但需转报中央国家机关批准”的审查意见的，主办部门应作出中止办理主办事项的决定，并书面告知申请人。待中央国家机关出具审批意见后，主办部门应立即恢复办理，并书面告知申请人。
在协办部门回复审批（审查）意见前，规划部门已决定不批准主办事项的，规划部门应即时以电子邮件的方式向协办部门发出终止协办项目审批（审查）函。
协办部门在规定期限内未回复审查意见、超过规定期限回复审查意见、以四种规定审查意见以外的审查意见或以“不同意”审查意见（未附书面理由）回复主办部门的，主办部门可自行办理主办事项，由此产生的相关责任由协办部门承担。
建设项目在“一书两证”阶段不涉及并联审批（审查）项目的，由规划部门于审批时限届满前，按照《重庆市规划局建设工程规划许可工作规程》依法单独实施规划审查后，作出同意、不同意规划许可的决定，并完成许可证件（文件）的制作。
（三）公布与颁发
规划部门自作出同意、不同意规划许可决定之日起，10个工作日内以电子触摸屏、网上公布等多种形式公布审批结果，申请人即可到报建窗口领取许可证件（文件）。
主办部门负责向申请人转送由协办部门提供的协办审批结论及其附图原件。
第九条 主协办部门应充分利用现有市政府网络体系和各部门网络体系，加强网络信息化建设，建立健全有关行政审批网页，逐步探索网上审批新模式，进一步提高审批效率，降低成本，推进政务公开。
第十条 主协办部门应加强相互之间的工作监督。主办部门应督促协办部门贯彻落实主协办工作制度，对协办部门违反主协办工作制度和本办法有关规定且不及时整改的，应提请有权机关处理。
