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市政府设立市重大食品安全事故应急指挥部（以下简称市应急指挥部），负责对全市重大食品安全事故应急处理工作的统一领导和指挥。总指挥由分管副市长担任，副总指挥由市政府分管副秘书长担任，成员由市食品安全委员会各成员单位主要领导组成。
2.1.2市应急指挥部职责
（1）领导、组织、协调事故应急处理工作；
（2）负责事故应急救援重大事项的决策；
（3）向省应急指挥部以及有关部门报告事故发生及处理情况；负责发布事故的重要信息；
（4）处理临时出现的各种重大情况；
2.1.3市应急指挥部成员单位职责
市应急指挥部成员单位由市食品药品监管局、市农业局、市质监局、市工商局、市卫生局、市商务局、市畜牧兽医局、市水利局、市公安局、市环保局、市教育局、侯马出入境检验检疫局、市监察局、市委宣传部、市财政局等部门组成。其工作职责是：
市食品药品监管局负责市应急指挥部办公室日常工作；起草并修改应急救援预案，组织协调应急救援工作，收集信息，分析动态；组织开展应急救援宣传、教育、培训等工作；
市农业局负责组织对重大农产品质量安全事故的调查，依法开展对重大农产品质量安全事故的处理和相关技术鉴定等工作；
市质监局依法对食品生产、加工环节造成重大食品安全事故原因调查处理和相关技术鉴定等工作；
市工商局依法开展对食品流通环节造成重大食品安全事故违法行为的调查处理等工作；
市卫生局依法开展对重大食品安全事故引发食源性疾病的卫生学原因调查处理和相关技术鉴定等工作，并负责重大食品安全事故引发食源性疾病病人的医疗救治工作；
市商务局在职责范围内负责重大食品安全事故应急救援所需物资的组织、供应，参与屠宰加工环节以及流通领域中重大食品安全事故的调查处理；
市畜牧兽医局负责对动物、动物产品的生产、加工、贮藏、流通等环节病害肉、病患动物等重大畜禽产品质量安全事故的调查和相关产品的技术鉴定；
市水利局依法主要负责对养殖生产环节和初加工食用水产品发生重大质量安全事故和水生动物疫病的调查和处理及相关技术鉴定等工作；
市公安局负责重大食品安全事故发生地事故现场的保护及涉嫌犯罪案件的侦查、鉴定工作；
市环保局负责因工业污染造成重大食品安全事故的违法行为调查及环境监测工作，协调、指导县（市、区）人民政府的污染处置工作，对环境违法行为的处理提出意见和建议；
市教育局负责协助卫生局等有关部门对学校食堂、学生在校营养餐造成的重大食品安全事故原因进行调查及组织应急处理工作；
侯马出入境检验检疫局对进出口食品造成重大食品安全事故的要根据事故级别立即向当地政府报告，并协助政府进行调查及应急处理；
市监察局负责对国家公务员和国家行政机关任命的其他人员，在造成重大食品安全事故以及应急处理工作中，有失职、渎职等违纪行为的调查，并做出处分决定；
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