在企业自查自整的同时，军工单位行业主管部门即省国防科工办对全省军工单位进行无一遗漏的排查，并采取相应的整治措施。
1.对证明不全的单位列入关闭单位名单，并实施关闭。
2.对证照虽然齐全，但存在重大安全生产隐患，无法保证安全生产的单位列入停产整顿单位名单，并责令停产整顿。
3.对证照齐全的生产经营单位，列入正常生产经营单位名单，并加强日常安全监管。
六、专项整治的步骤
全省军工专项整治工作分为四个阶段进行：
第一阶段：安排部署和宣传发动阶段（1个月）
根据省人民政府的总体部署，省国防科工办制订军工行业安全生产专项整治实施方案，配齐工作人员，建立专项整治责任制，做好专项整治的安排工作。通过召开会议、发布公告、媒体宣传等形式，使地方各级政府及部门和所有军工单位了解专项整治的内容和要求。
第二阶段：企业自查自整和主管部门排查摸底阶段（3个月）
所有军工单位都要对照军工行业检查内容，查找本单位存在的事故隐患和问题，制订整改方案，采取有效措施进行全面整改。成立专项整治领导组，组织对本单位及所属企业和单位开展自查自整工作，各军工单位要将自查自整情况报省军工专项整治领导组办公室。
省国防科工办将组织有关人员按照专项整治方式，对军工单位进行排查摸底，对排查出的问题进行分类整治，并按本方案的要求公布和签字上报。
第三阶段：行业主管部门分类整治阶段（6个月）
省国防科工办作为军工单位的行业主管部门，要抽调监管人员、专家组成检查组，在各单位自查摸底的基础上，组织检查，对排查出的问题进行分类整治，并按本方案的要求公布和签字上报。
第四阶段：“回头看”再检查，总结阶段（2个月）
为巩固安全生产专项整治成果，确保取得实效，省军工专项整治领导组要组织“回头看”交叉检查，重点是跟踪抽查非法生产单位取缔关闭的落实情况；证照不全停产整顿的单位的整改情况和证照齐全存在重大事故隐患的整改情况。
全省军工行业安全生产专项整治工作结束后，省军工专项整治领导组要进行全面总结，对工作成绩突出的单位和个人予以表彰和奖励，对专项整治组织工作不认真、走过场或在专项整治中依然发生重特大事故的单位给予严肃批评，对问题突出的单位责令延长专项整治期限，并追究有关责任人的责任。
七、工作要求
