2.2 市应急指挥部指挥长由市人民政府分管副市长担任，成员由市畜牧局、市发改委、市经贸委、市财政局、市公安局、市交通局、市民政局、市卫生局、市疾控中心、市林业局、市城市管理局、市商务局、市工商局、市质监局、贵州出入境检验检疫局遵义办事处、市科技局、市食品药品监管局、遵义机务段、市邮政局、遵义军分区、市武警支队等部门及单位负责人组成。
2.3 市应急指挥部主要职责：贯彻执行国家高致病性禽流感防治有关方针、政策；组织协调和部署全市高致病性禽流感防治工作；指挥扑灭Ⅰ、Ⅱ级疫情；监督指导县、区（市）和乡（镇）扑灭Ⅲ、Ⅳ级疫情。
2.4 市应急指挥部下设办公室，办公室设在市畜牧局，主任由市畜牧局局长兼任。办公室主要职责：负责指挥部日常工作；负责收集、分析疫情及发展态势，报告疫情；负责向指挥部提出调配疫情处理和损失补助的资金、物资的方案和建议；负责组织、协调各有关部门落实本预案；提出启动、停止（解除）Ⅰ、Ⅱ级疫情控制应急处置措施建议；完成上级交办的任务。
2.5 市应急指挥部聘请有关专家组成市高致病性禽流感专家组。主要职责：负责提供高致病性禽流感疫情现场诊断、提出初步的疫情处理技术方案和建议。根据专家组初步结论和省级以及国家参考实验室的检测与诊断结果作为市级应急指挥部进行疫情处理的依据。
2.6 市应急指挥部成员单位主要职责：
市畜牧局：负责做好疫情信息的收集、分析、报告、通报；作好疫情的监测、诊断；划定疫点、疫区和受威胁区，提出疫区封锁建议、解除疫区封锁方案；对疫区、受威胁区内的易感禽类及其产品的生产、加工、贮藏、运输、销售等活动进行监测、检疫和监督管理；组织对疫点内禽类扑杀、禽类及其产品的无害化处理；监督、指导对疫点、疫区内污染物等实施消毒和无害化处理，饲养场所及周围环境的消毒工作；对疫区封锁前已出售的可能染疫的禽类、禽类产品追踪处理；组织紧急免疫接种和流行病学调查。
市发改委：负责禽流感防疫基础设施的建设工作。
市经贸委：负责做好电力和运力调度，优先保证应急器械和应急药品的生产及运输需要。
