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县市区级应急指挥部办公室接报突发卫生事件后，立即向市指挥部汇报，并负责协调各有关部门按照突发卫生事件应急预案的要求，做好应急预案的启动准备和各项措施的落实工作，保障整个应急处理工作有序进行，并负责向上级有关部门报告突发卫生事件应急处理信息。
（二）部门职责
1、发展改革部门。把公共卫生体系建设列入国民经济和社会发展规划，组织应急物资的生产、储备和调度，保证供应。
2、财政部门。保证疾病监测、疾病控制工作经费和非正常储备药械专项经费，确保突发卫生事件应急处理所需的设备、器材、药品等费用。
3、教育部门。加强校内突发卫生事件防范工作，落实校内突发卫生事件应急控制措施，做好在校学生、教职工的宣传教育及自我防护工作。
4、公安、安全、司法部门。做好法制宣传，依法打击违法犯罪活动，维护社会稳定。协助卫生行政部门做好流行病学调查，落实各项强制隔离措施。
5、工商部门。加强对市场经营秩序的管理，严厉打击非法经营活动，维护正常的市场秩序。
6、药品监督管理部门。组织开展突发卫生事件预警期间的药械市场治理整顿，打击制售假劣药械等违法行为，维护正常的药品生产、经营秩序。及时开辟防治突发事件急需药品、医疗器械申报审批的绿色通道，保证市场供应。
7、物价部门。保持物价稳定，维护市场秩序。
8、科技管理行政部门。根据突发卫生事件需要，及时组织科技力量协作攻关，支持对突发卫生事件预防控制、临床治疗、实验室检验等各项科学研究。
9、新闻宣传部门。组织新闻媒体广泛开展科学知识宣传，坚持正确的舆论导向，消除群众的恐慌心理，营造有利于突发卫生事件应急处理的舆论氛围。
10、民政部门。做好突发卫生事件期间的社会捐赠资金、物品的接收，负责赈灾资金和物资的筹集、发放及管理工作，对困难群体实行社会救助。督促殡仪馆按照有关规定，做好传染病患者遗体的运送和火化工作。
11、民航、铁路、交通部门。对乘坐交通工具的人员进行交通检疫、查验工作，防止传染病通过交通工具传播。优先安排疫区紧缺物资的运送和人员疏散，做好疫区的交通管理工作。
12、农、林部门。组织做好家畜家禽疫病的防治工作，开展与人类接触密切的家畜家禽及野生动物相关传染病的监测和管理工作。
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