涉农区市县财政局在资金专用账户开设后，需到市财政局办理预留拨款印鉴卡备案。
涉农区市县卫生局“公共卫生体系建设资金专户”，核算由当地财政部门拨入的《三年规划》建设资金以及拨付给建设施工单位的《三年规划》建设资金。
市、县两级财政、卫生局要加强专户资金的管理和核算工作，既要认真落实《三年规划》，保证建设资金的及时到位，又要确保资金专款专用，不得滞留、挤占和挪用。对《三年规划》建设资金要按照来源和用途认真进行明细核算。
第七条 资金拨付
市基本建设计划和市财政预算安排等《三年规划》建设资金拨入市财政局“公共卫生体系建设资金专户”。
市财政局按照有关区市县工程建设进度，将《三年规划》建设资金从市财政局“公共卫生体系建设资金专户”拨付给市卫生局和涉农区市县财政局“公共卫生体系建设资金专户”；涉农区市县财政局及时将资金拨付到当地卫生局“公共卫生体系建设资金专户”；市卫生局和涉农区市县卫生局按确定的项目、合同约定和工程进度将资金拨付至建设施工单位。
《三年规划》建设资金拨付时，首先由涉农区市县财政局根据同级卫生局提供的工程进展情况，向市财政局提出工程用款申请，并提供项目建议书、可行性研究报告、初步设计概算、招标文件、中标单位的投标文件、中标通知书及合同文本等资料，市财政局核准后，按照上述规定程序拨付资金。
第八条 贷款偿还
《三年规划》建设资金贷款偿还，由市财政局统一办理。市财政局按照合同约定，按时将本期应偿还的贷款本息统一划入市卫生局“公共卫生体系建设资金专户”，市卫生局也要按时偿还银行贷款本息。
涉农区市县财政局应于贷款到期五日前，将当期应偿还的贷款本金缴入市财政局“公共卫生体系建设资金专户”；到期未还的，市财政局将采取扣款方式，强行划款偿还。
第九条 政府采购
《三年规划》乡镇卫生院、妇幼保健院（所）、急救分中心（分站）建设工程的施工、监理由涉农区市县统一组织公开招标确定，并将招标结果报市有关部门备案；购置的设备仪器和市本级建设项目由市财政局和市卫生局统一组织政府采购和招标。
第十条 其他
涉农区市县要加强原有卫生资源的统一管理，做好财产、物资的清理和登记造册；《三年规划》建设工程结束后，当地卫生局要提出合理配置、使用的意见，报同级财政局审批后处理。处理结果要上报市卫生局、市财政局备案。涉农区市县财政局、发展和改革局、卫生局要及时向市财政局、市发展和改革委员会和市卫生局报告工程进展及资金使用情况。
