（一）军事用海；
（二）公务船舶专用码头用海；
（三）非经营性的航道、锚地等交通基础设施用海；
（四）教学、科研、防灾减灾、海难搜救打捞等非经营性公益事业用海；
（五）国家规定的免缴海域使用金的其他项目用海。
第六条 下列项目用海，按照国务院财政部门和国务院海洋行政主管部门的规定，经有批准权的人民政府财政部门和海洋行政主管部门审查批准，可以在一定期限内减缴或免缴海域使用金。
（一）不以营利为目的的政府投资兴建公用设施用海。
（二）由中央财政或地方财政直接投资的国家重大建设项目用海。
（三）遭受严重自然灾害或重大意外事故，经济损失经核实达正常收益的70%以上的养殖用海。
第七条 海域使用权人在使用海域期间，符合本办法第五条、第六条规定，要求免缴或减缴海域使用金的，属于省、市、县人民政府批准的项目用海，由海域使用权人向项目用海所在地海洋行政主管部门提出申请，经会同财政部门审核后，报省财政部门会同省海洋行政主管部门批准。
属于国务院批准的项目用海以及上缴中央国库的海域使用金，由省财政部门和海洋行政主管部门联合报财政部、国家海洋局批准。
养殖用海的海域使用金减免由审批养殖用海的地方人民政府财政部门会同海洋行政主管部门批准。
第八条 海域使用金纳入财政一般预算管理，全部上缴国库，其中：30%作为中央财政预算收入，就地缴入中央国库；70%作为地方财政预算收入，就地缴入地方国库，其中：属于国家和省审批的项目用海70%部分全部缴入省级国库，属于各地级市以下审批的项目用海70%部分就地缴入本级国库。地方人民政府管理海域外的项目用海，海域使用金全部缴入中央国库。
属于养殖用海海域使用金全部就地缴入审批养殖用海的本级国库。
第九条 海域使用金原则上由海域使用单位或个人（以下称缴款人）就地缴库。征收部门征收海域使用金时，向缴款人按预算级次分别开具“一般缴款书”，通知缴款人按照规定金额、期限到本单位（个人）开户银行划账，就地将海域使用金分别缴入中央和地方国库。
地处交通不便地区的缴款人，到银行缴纳海域使用金确有困难的，或者渔民个体使用海域从事养殖的，经同级财政部门同意后由海洋行政主管部门直接代收海域使用金，并于收款当日或次日使用“一般缴款书”将海域使用金就地分别缴入中央和地方国库。
