小型农村水利工程管理体制改革的目标是：以解决当前小型农村水利工程产权主体不明晰，管理责任不落实，投入不足，资产闲置，效益衰减问题为目的，通过改革逐步建立适应社会主义市场经济体制和农村经济发展要求的工程管理体制和良性运行机制，鼓励广大农民和社会力量建设小型农村水利工程设施，加快小型农村水利工程设施的更新改造和挖潜配套，力争用3—5年的时间，使目前受损、闲置的小型农村水利工程尽快得到恢复和使用，进一步改善农业生产条件。2006年以前，选择部分县（市）进行试点，研究和总结改革经验；2009年全面完成全疆小型农村水利工程管理体制改革的任务。
三、小型农村水利工程的界定
小型农村水利工程是指：（一）受益面积在1万亩以下的引水、提水、输水、排水工程，包括小型抽水站、机电井、流量小于1立方米／秒的渠道等；（二）库容在10万立方米以下的小水库；（三）日供水能力小于200立方米的农村人畜饮水工程，乡镇供水工程；（四）小型水土保持工程；（五）其它小型农村水利工程设施。
四、小型农村水利工程管理体制改革的原则
（一）坚持政府扶持与群众自主兴办相结合，政府通过规划指导、政策引导、资金扶持等手段，鼓励社会各界以多种形式参与小型农村水利工程建设和管理。
（二）以维护农民用水权益为前提，充分尊重农民意愿，积极引入市场竞争机制，调动工程管理者的积极性。
（三）坚持公开、公平、公正的原则，实行民主决策，积极稳妥地推进改革。
（四）坚持责、权、利相统一，实行“谁投资、谁所有、谁受益、谁负担”，明晰工程所有权，落实工程建设和管护责任。
（五）在水资源国家所有属性不变的前提下，坚持开发利用与节约保护相结合，促进水资源的优化配置和可持续利用。
（六）遵守有关法律法规和政策规定，确保水利工程安全、防洪安全、生态环境不受影响。
五、明晰工程所有权
（一）以农户自用为主的小微型农村水利工程。实行“自建、自有、自用、自管”，其产权归个人所有，由县级水行政主管部门统一监制，乡镇人民政府核发产权证。由国家补助资金所形成的资产，明确划归农民个人所有。农户自有工程未用完的水，依据各地物价部门核定的水价标准，允许农户之间按平等协商、互惠互利、有偿服务的原则，调剂余缺。
