九龙江流域带来的大量泥沙和陆源污染物是厦门海域生态环境破坏的重要原因。九龙江流域平均年入海泥沙约636万吨，每年带来15万吨的污染物，其污染负荷比占51.8%。2002年九龙江携带入海的污染物总量为1.49×105吨，其中COD为1.24×105吨（是厦门全市COD入海量的1.88倍）。九龙江流域面源污染严重，该流域是全国单位面积化肥和农药的使用量较大的地区之一，化肥流失比例甚大（氮肥利用率为40-50%，磷肥利用率为10-20%）；流域农业污染源中的生猪存栏数约数十万头（2002年为8.6×105头），大量废水（80%未经处理）以点源或面源排放方式进入九龙江。对岸的漳州中银开发区的开发活动对厦门海洋环境质量及航道保持也有着巨大的影响。
3.1.3 海陆一体化管理尚未实现
厦门是个海陆相嵌的海湾型城市，陆域未能完全有效地列入到海岸带综合管理范围，目前海、陆规划在规划编制和执行过程中仍有不一致之处，这给厦门市海岸带的综合管理带来不少问题。
3.1.4 海洋资源资产化管理滞后
对海洋资源的价值评估体系尚未建立，许多海洋资源使用收费明显偏低，亟待建立并完善海域使用费征收管理办法、海域使用权招标
拍卖管理办法、海洋资源环境损害赔偿等一系列海洋资源资产化管理制度。
3.1.5 污水管网建设滞后，海洋环境面临很大压力
生活污水上升为海岸带的主要污染源。2003年全市生活的污水排放量1.2亿吨，约占污水总排放量的2/3以上。由于污水配套管网建设滞后，已建污水处理厂和污水主干管、泵站的作用未完全发挥，目前全市共建有7个污水处理厂，处理能力为55.9万吨/日，而处理量只有31.45万吨/日（其中二级处理量仅12.39万吨/日）；中水回用率低（仅占0.83%）；农村环境基础设施严重不足，其量大面广的污染源长期直接对海域构成影响。
3.1.6 用海结构不合理和开发力度过大等导致海洋生境萎缩和质量下降
港口建设等海洋开发强度较大，开发建设活动与海域环境保护矛盾较为突出，如海底炸礁冲击波、海岸工程等对中华白海豚、厦门文昌鱼的生境造成损害，红树林等典型海洋生态系统退化。同安湾等海域水产养殖密集，影响港口航运、旅游主导功能的发挥，过量的投饵养殖也导致海域生态环境日趋恶化。
3.1.7 海洋生态监测网络尚未真正建立
海洋、环保等多个部门组织进行了大量的海洋环境监测工作，但重点集中在近岸海水水质及污染物监测方面，且监测方案的统一制定和监测数据、信息的共享不够。针对海洋生态的监测网络尚未建立。
3.1.8 海岸带综合管理的科技支撑力度还须进一步加强
海洋生物多样性研究，海湾污染机制与自净能力研究，海洋生态系统评价体系以及海洋灾害如赤潮突发机理与预报研究等需进一步加强，上述研究是加大海岸带综合管理的科技支撑力度，提高管理成效的需要。
3.1.9 环境投资来源单一
厦门市投入海洋环境保护的大量资金主要依赖政府的财政投入。国际借贷、民间投资和PPP（Public Private Partnership，公私合作关系）等环境投资模式尚未建立。
3.2 第二轮ICM的优先领域
（1）强化海岸带综合管理协调机制，建立区域协调机制，解决区域带来的环境影响问题。
（2）进一步加强对陆源污染的预防与控制，改善近岸海水水质。
（3）保护海洋生态系统，修复海洋生态环境。
（4）控制海洋开发强度，调整用海结构，实施海洋资源资产化管理。
（5）建立统一的海洋生态环境监测网络，全面监控海洋生态环境状况。
（6）加强渔民的技能培训和就业辅导，制定财政补助等扶持政策，促进渔民转产转业，确保控制水产养殖规模和用海结构调整工作顺利进行。
4.第二轮ICM战略目标
4.1 第二轮ICM总体目标
通过实施一系列海岸带综合管理行动计划，完善海岸带综合管理体制与协调机制，促进各种海洋产业协调有序地发展，促进科学合理地开发和可持续地利用厦门海岸带的各种资源，使各海域功能区的功能得到正常发挥，有效监控厦门海域的海洋生态系统和污染物总量，建立海洋灾害预警预报机制，实现海洋功能区环境质量全面达标，海洋生态环境得到修复，海洋生态系统得以良性循环。
4.2 第二轮ICM近远期目标
4.2.1 近期目标（2010年）：
●强化海岸带综合管理体制与协调机制，建立区域协调机制，通过加强海域使用管理，建立良好的海洋开发和管理的秩序
●完善海岸带综合管理立法
●调整用海结构，实现海洋资源资产化管理
●实施海域污染物总量控制制度和以生态系统为基础的区域海洋管理，使海域环境质量全面达标，重要的海洋生态系统得到修复
●建立较为完善和统一的海洋环境监测监视网络，提高海岸带综合管理的自动化、信息化水平
●加大科技支撑力度，提高海岸带综合管理水平
●建立可持续的海岸带综合管理财政机制及拓宽多种环境投资渠道
●建立循环经济示范点、实验区与基本架构
4.2.2 远期目标（2020年）：
●形成健全的海岸带综合管理体制
●全面实现海岸带的法制化管理
●修订完善海洋功能区划，实现海陆一体化管理
●全面实施以海洋生态系统为基础的区域海洋管理，较全面修复海洋生态环境，基本实现海洋生态系统的良性循环
●全面实现海岸带管理的自动化和信息化
●推动循环经济，建立资源节约型社会
4.3 第二轮ICM的战略计划具体目标
4.3.1 强化海岸带综合管理与协调机制，建立区域协调机制和海陆一体化管理机制
完善海岸带综合管理与协调机制，实现海岸带综合管理与协调工作的制度化、规范化；充实海上执法装备，进一步提高海上综合执法水平；建立九龙江流域和厦门湾的区域协调机制；海洋功能区划与城市总体规划和各海洋产业规划相互衔接和协调一致，实现海、陆规划衔接和海、陆管理的相互协调。
