附件一：
缔约各方根据本协定第二条第二款的规定，采取以下许可措施：
一、缔约各方的授权机关在接到缔约另一方授权机关发来的有关本协定第三条规定决定的书面通报后，向缔约另一方的授权机关申请发给在缔约另一方专属经济区从事渔业活动的本国国民及渔船许可证。缔约另一方的授权机关按照本协定及本国的有关法令颁发许可证。
二、缔约各方的授权机关应以书面形式向缔约另一方的授权机关通报有关入渔的手续规定（包括许可证的申请和颁发、捕鱼数据的提供、渔船标识及捕捞日志的填写等手续规定）。
三、获得许可的渔船应将许可证置于驾驶舱明显之处，并明确显示缔约另一方规定的渔船标识。
附件二：
按以下规定实施本协定第九条第二款的规定：
一、中华人民共和国政府指定的联络部门为管辖有关港口的港务监督部门。日本国政府指定的联络部门为管辖避难港口等的海上保安厅的各管区海上保安本部。
二、具体联系方法在本协定第十一条规定设置的中日渔业联合委员会上相互通报。
三、缔约各方的渔船与缔约另一方指定的联络部门进行联系的内容有：船名、呼号、当时船位（纬度、经度）、船籍港、总吨位和全长、船长姓名、船员数、避难理由、请求避难的目的地、预计到达时间、通讯联络方法。协议议事录
中华人民共和国政府代表及日本国政府代表就本日签订的《中华人民共和国和日本国渔业协定》（以下称“协定”）有关条款，同意记录下列事项：
一、两国政府表示将继续坦诚进行两国关于专属经济区和大陆架划界的磋商，并努力达成双方都能接受的协议。此外，两国政府表示协定第七条第一款规定的暂定措施水域的设定，不得认为有损两国有关专属经济区和大陆架划界的各自立场。
二、两国政府表示，鉴于两国传统和合作的渔业关系，在实施协定和与第三国建立渔业关系时，双方在协定第七条第一款规定的水域北限线以北的东海部分水域，尊重现有的渔业活动，考虑缔约另一方传统作业及该水域的资源状况，不使缔约另一方在该水域的渔业利益受到不正当的损害。
