第六条 重大项目的评审，要贯彻“依靠专家，发扬民主、择优支持、公正合理”的原则，保证决策的科学化、民主化，增强透明度。
第七条 要把竞争机制贯穿于重大项目的申请、评审、管理全过程，强化资助项目的检查管理。
第二章 立项
第八条 有关科学家个人或集体及有关部委，均可根据国家“中长期科学技术发展纲要”和国家自然科学基金委员会（以下简称基金委员会）组织重大项目的战略设想与要求，提出重大项目立项的建议，亦可在优秀的面上项目、重点项目的基础上，或在已经完成并取得了重要成果，有待进一步深入和扩展的原重大项目基础上，提出立项建议。
第九条 所有立项建议均需具有高级专业职务的专家填写《重大项目建议表》，经建议人所在单位加盖公章后，一式八份送基金委员会有关科学部。
第十条 基金委员会有关科学部组织专家对立项建议进行筛选、综合，并根据建议的重要性、迫切性、先进性、可行性和经费的可能，分期分批地提出重大项目立项计划草案（跨科学部的项目由委组织协调），经委务会议审议后，提请基金委员会全委会批准。
第十一条 经基金委员会全委会批准立项的重大项目，根据其组织工作的成熟程度，通过重大项目指南，分批分年度公布项目的名称、主要研究内容、关键科学问题、研究目标和课题构成等，引导科技人员定向申请。
第三章 申请与评审
第十二条 凡有能力、有条件承担重大项目的全民所有制单位的科技人员，均可根据公布的项目内容和目标，对重大项目所属课题提出申请。申请书格式、填报要求与国家自然科学基金自由申请项目相同，并在封面左上角标明“重大项目”字样和所属重大项目的名称。
第十三条 课题申请书经基金委员会有关科学部初审后，按所属重大项目归类，送同行专家评议，择优遴选重大项目及其所属课题的学术带头人和参加者。未经同行评议的课题和申请者，不得进入重大项目。
