中央农口部门要严格遵循“规模治理，重点投入，建设一个，成效一个”的原则，进行部门项目建设。土地治理项目中的生态类项目建设，要将涉及的省份和县数进行适度的压缩，将投资进一步集中，以县为单位，按流域或区域连片治理；每个项目中央财政年度投资规模不得低于80万元。多种经营项目要立足资源优势和比较优势，确定重点扶持的主导产品及其优势产区，重点投入，规模开发；每个项目中央财政年度投资规模不得低于70万元。部门良种繁育项目要与《
国家农业综合开发“十五”计划》确定主导产品发展的需要相结合，优先保证向农业综合开发项目区提供优质种子、种畜、种禽和种苗；每个项目中央财政年度投资规模不得低于100万元。
四、采取措施保证地方配套资金的足额落实
各地财政部门在安排地方财政配套资金上，要把部门项目与地方项目同等对待，将部门项目地方财政配套资金纳入本级财政预算，以确保配套资金落实和及时足额到位。同时，各地农口部门也要按规定认真落实项目的自筹资金。从2003年度项目开始，国家农发办将部门项目与地方项目中央财政投资控制指标同时下达给地方，以便地方财政统筹安排配套资金预算。
五、严格按照规定的时间报送部门项目计划
为了保证部门项目所需地方财政配套资金的落实和项目计划及时的批复，从2003年起，国家农发办对部门项目计划编报的时间规定作如下调整：
1、省级农口部门项目的前期准备和申报工作，于项目实施年度上一年的6月底前完成。
2、中央农口部门对省级申报项目的评估、审定和推荐工作，于项目实施年度上一年的8月底前完成（其中水利骨干工程项目应于上年的7月底前完成）。中央农口部门应按照国家下达上年度同类项目中央财政投资控制指标120%的规模，向国家农发办提交各类项目分省投资指标和开发范围的初步方案（以下简称为“初步方案”）。
3、国家农发办对中央农口部门提交的初步方案进行审查和筛选（其中对水利骨干工程项目进行评审），并将审定的初步意见与中央农口部门商定后，于项目实施年度上一年的10月底前，向各地下达部门项目的中央财政投资控制指标的通知，同时作为中央农口部门下达各地编制项目实施计划通知的依据。地方农口部门根据国家农发办下达的中央财政投资控制指标，向同级财政部门申请地方财政配套资金。
