第十六条 省级农口部门项目前期准备和申报工作须在项目实施年度上一年6月底前完成。
部门项目原则上由省级农口部门会同同级财政部门（或农发办）联合向中央农口部门申报，抄国家农发办。对于开发项目县（市）相对稳定的长江、黄河上中游水土保持项目、长江上中游防护林项目、太行山绿化项目、土地复垦项目，可由省级农口部门单独申报。
部门项目评估、筛选、申报以省级农口部门为主，省级相关部门要积极配合。
第十七条 在省级申报项目的基础上，中央农口部门要对申报的确需进一步评估的项目进行评估，并根据项目申报、评估情况及国家农发办下达的年度总项目中央财政资金投资控制规模，于项目实施年度上一年8月底前完成拟建项目推选工作。
省级按规定时间申报的水利骨干工程项目，先由水利部农发办提出初选方案，经与国家农发办协商后，由国家农发办组织评估论证，并审定拟扶持项目。
对经技术审查和评估论证可行的项目，由中央农口部门、国家农发办对有关省（区、市）分别下达编报项目实施计划（或实施方案）和中央财政资金投资控制指标的通知。
第十八条 省级农口部门依据编报项目计划要求和下达的中央财政资金投资控制指标组织编制项目实施计划，须在项目实施年度上一年10月底前报中央农口部门，抄送国家农发办。同时附送由省级财政部门出具的地方配套资金和有偿资金偿还的承诺文件。
中央农口部门据此汇总编制年度项目实施计划，于项目实施年度上一年11月底前报送国家农发办，经审核手，由中央农口部门会同国家农发办联合批复。
第十九条 年度项目实施计划一经批复，须严格执行。如因特殊情况，确需变更项目实施计划，均须按规定逐级报批。各级农口部门要加强项目实施的监督管理，建立健全项目管理责任制。项目建设单位要由专人负责工程建设管理，严把工程质量关。要积极推行项目法人责任制、招标投标制和工程监理制。省级农口部门要在2月底前向中央农口部门报送上年度项目计划完成情况。
第二十条 部门项目验收严格执行国家农业综合开发项目竣工验收的有关规定。
