水利骨干工程项目要通过对中型灌区灌排骨干工程设施的配套完善和节水改造，改善农业综合开发区的灌排条件，为农业综合开发土地治理提供水利保障。
多种经营示范项目要通过扶持市场前景好、科技含量高、经济效益明显、辐射带动作用强的示范基地建设，引导农业和农村产业结构调整，增加农民收入。
良种繁育项目要通过良种繁育体系建设，为优化农业产业结构提供所需的优质种子、种畜、种苗，提高农业科技水平。
第六条 部门项目遵循国家农业综合开发项目和资金管理的基本原则。坚持统筹规划、突出重点、规模建设、注重效益的原则，坚持按项目管理、按立项条件择优选项的原则；实行“国家引导、配套投入、民办公助、滚动开发”的投入机制，资金安排坚持集中投入，不留缺口，奖优罚劣，按项目确定资金的原则。
第七条 依照统一组织，分级管理的原则，部门项目由国家农发办负责组织协调，中央农口部门农发办负责组织实施。
第二章 立项条件
第八条 部门项目要符合相关行业发展规划，与国家农业综合开发总体规划相衔接；体现开发与保护相结合的原则；预期效益明显，有偿资金归还有保障；当地政府和群众有较高的项目建设积极性和一定的资金配套能力；有相应的项目管理机构和技术力量。
第九条 土地治理（生态环境建设）项目以县为单位，以小流域或区域为单元，规划治理面积不小于5000亩；长江、黄河上中游水土保持项目县水土流失面积须在100平方公里以上，治理所需的劳动力资源有保障；长江防护林和太行山绿化项目须在生态环境脆弱或生态地位重要，可造林地集中连片，具备一定规模大，危害严重，并具备治理条件的农牧交错区；土地复垦项目县须为工矿废弃、塌陷区，且待复垦面积大，相对集中，开发后能有效增加农用地特别是耕地面积。
水利骨干工程项目须为农业综合开发区提供灌排条件；设计控制灌溉（排涝）面积不低于5万亩；项目前期工作扎实，可行性研究报告经过省级水利部门组织的技术论证，且项目的规划设计方案经论证表明是最佳的；根据工程实际需要和财力可能确定投资，每个项目中央财政资金投资规模一般在500万元以上。
