2001年6月底以前，在当地海关、工商部门的配合下，由省级交通主管部门完成对集装箱货运站的摸底调查工作。查清我国集装箱货运站的批准机关、数量、投资者、业务范围、海关监管单位等基本情况，重点检查集装箱货运站的设立是否合法，中外合资集装箱货运站的外资比例是否符合《
中华人民共和国海上国际集装箱运输管理规定》(国务院1998年第243号令修订颁布)和《
外商投资产业指导目录》的规定，是否与我国对外承诺相一致。
根据有关规定，对属于“三资企业”的集装箱货运站，由省级交通主管部门提出意见，转报我部进行处理；其他类型的集装箱货运站由省级交通主管部门进行处理；属于工商、海关等部门管理职责范围内的，由交通主管部门提出建议后移交工商、海关部门进行处理。2001年底前完成集装箱货运站补办审批和变更登记的手续。
(七)国际船舶代理企业整顿
结合进一步开放国际船舶代理市场，加大对国际船舶代理企业的整顿，规范国际船舶代理企业经营行为，打击违规经营活动，为我国加入WTO创造良好条件，建立健康的国际船舶代理市场秩序。
结合国际船舶代理公司的年检工作，对我国320多家国际船舶代理公司换发经营许可证。由省级交通主管部门对国际船舶代理公司的经营行为进行检查，重点检查超范围经营、违规出让经营权和擅自代理未经批准的班轮航线行为。对重大违规行为，依法予以处罚。
2001年9月底前，依托新成立的国际船舶代理协会，会同国家价格管理部门，对国际船舶代理收费标准进行调整，并加强对国际船舶代理公司收费行为的监督管理。
除以上各项整顿内容外，部已颁布《
国内船舶运输经营资质管理规定》(2001年交通部1号令)、《
老旧运输船舶管理规定》(2001年交通部2号令)，还将在2001年内续出台《国内船舶管理业规定》等规章，并拟对实施上述各项规定分别做出安排和部署。贯彻实施上述有关规定也是航运市场整顿的重要内容，各级交通主管部门要将贯彻实施上述各项规定纳入相关市场整顿的工作计划中。
四、市场清理整顿组织机构
