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在高技术领域掌握一批自主知识产权，提高国家核心竞争力；解决若干关系我国经济社会发展和国家安全的战略性科技问题，成为承担相关国家科技计划任务的重要力量。全院年专利申请量达到3000件以上，其中发明专利不低于70%，专利实施率大幅度提高。
2、到2010年，全面实现我院10年发展蓝图：成为我国具有国际先进水平的知识创新和技术创新基地，成为国家科技思想库；成为我国培养和造就高级科技创新与创业人才的重要基地；成为促进我国高技术产业发展的重要基地；成为我国现代科学文明与创新文化的重要源泉和基地；成为我国在国际科学界的重要代表。
取得一批有重大意义的原始性科学创新成果，全院科学产出人均水平和具有重大科学价值的论文数与国际著名综合性科研机构相当，若干科研机构达到国际同类机构的先进水平。
关键技术创新能力持续增强，系统集成能力显著提高，形成一批能带动我国产业发展的重大技术创新成果，在国家战略布局中起到不可替代的作用，一批科研机构在技术前沿上达到国际先进水平，成为在国际上有较强竞争能力的高技术研究发展基地。
在围绕我国社会可持续发展的研究领域，形成特色鲜明、结构有序的高水平研究基地，建设一批重要的环境治理和生态建设综合技术示范基地，为改善我国生态环境、提高资源利用率和增强我国社会可持续发展战略的决策与实施能力，提供重要科学依据和科技支撑。
3、到2020年前后，在科技创新水平和竞争能力上实现跨越发展，整体上达到国际先进水平，成为对世界科学技术发展有重要贡献的综合性国家科研机构，成为我国全面建设小康社会，加快推进社会主义现代化的重要战略力量，成为我国初步实现科学技术现代化的主要标志之一。
在基础研究方面，形成几个由我院科学家率先开创、并在国际上形成热点的新方向、新领域，在若干重要的前沿领域取得原始性重大科学发现、发明和理论创新，在我国本土上孕育具有诺贝尔奖水平的研究成果。
在高技术研究发展方面，具有强大的自主创新能力，集中力量在关系我国经济社会发展与国家安全若干关键领域取得突破，为提高我国国家竞争力做出突出贡献。
在资源环境研究方面，形成一批具有重大国际影响的研究成果，在国际同领域中占据不可替代的位置，建立我国可持续发展的科学基础，全面提升实现国家和区域可持续发展的核心能力。
(三)科技创新跨越发展战略的主要任务与工作重点
1、重要任务
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