国库收到查复信息后，打印查复书，系统自动配对登记“查询、查复登记簿”。对所查询问题已得到明确答复的，经国库会计主管审核后，按有关规定处理。
查复书要附在原查询书后面保存。如必须以查复书做凭证附件的，则应在原查询书上注明查复情况和本行处理结果以及该笔业务的日期、科目、编号等内容。
2．国库接收查询的处理
国库作为查复行，收到查询信息后，打印查询书，自动登记“查询、查复登记簿”，经办人员依照查询书内容，认真查阅有关账册、凭证和资料，查明情况和原因，报经国库会计主管审核同意后，在当日营业时间内(最迟不得超过次日上午)，按支付系统规定的报文格式向查询行发送查复信息，并打印查复书，自动登记“查询、查复登记簿”。
(六)日终和年终的处理
1．日终处理
在日终规定时间，国库收到支付系统下载的大额支付往来科目上日余额、当日借贷方发生额和当日余额等账务数据信息后，与国库会计核算系统内大额支付往来业务的日间流水登记信息进行核对后，分不同情况进行处理：
(1)核对一致的，国库直接按支付系统下载的账务信息编制转账凭证，并记载“大额支付往来”分户账，结计余额；
(2)核对不一致的，国库向支付系统申请下载账务明细信息和业务明细信息，及时进行账务核对，并按业务明细信息编制转账凭证，记载“大额支付往来”分户账，结计余额，并编制大额支付往来业务的差额转账凭证，经国库会计主管审批后，在“国库待结算款项”科目下的“大额支付往来暂收(或暂付)户”作挂账处理。待查明原因后，作相应账务处理。
2．年终处理
年终日，国库在完成日终账务信息下载和日终处理后，立即作年终处理。对支付系统下载的大额支付往来科目余额和结转支付清算资金往来科目的年终数据进行核对，核对相符后，编制转账传票，办理年终账务结转。会计分录为：
借(或贷)：大额支付往来——××库户
贷(或借)：支付清算资金往来——××库户
二、国库内部往来
(一)支库国库内部往来
1．支库发起业务处理
由支库发起的国库内部往来业务主要包括：同城票据交换借差净额清算，预算收入、兑付国家债券本息款项上划，异地拨款、退库以及其他款项汇划业务。
支库根据有关凭证，经国库会计核算系统逐笔录入、复核后，打印国库资金汇划专用凭证(附表2，略)，并加编支付密押，向管辖国库(负责清算或划转支库同城交换净额的国库)发送国库内部往来支付报文(附表1，略)，收到管辖国库回执后，办理转账。有关凭证作国库资金汇划专用凭证的附件，系统自动登记“国库内部往来登记簿”(附表4-1，略)。
(1)支库发起贷记业务的会计分录为：
借：待报解中央预算收入等科目
贷：国库内部往来——与××库往来
(2)支库发起借记业务的会计分录为：
借：国库内部往来——与××库往来
