工程资金以政府投入为主。坚持“地方投入为主，中央适当补助”的原则。中央和地方各级政府都要设立工程专项资金，统筹规划、协调使用，明确任务、强化监管，确保实现工程确定的目标。
省级人民政府对本地区的中小学危房改造工作承担主要责任。地方政府用于工程的专项投入主要由项目省省级政府承担。严禁借此向农民和学校乱收费和摊派各种费用，切实减轻农民和学校的负担。
中央专项资金重点支持中西部地区集中解决农村中小学现存的D级危房问题，并坚持向西部农村贫困地区倾斜的原则。
中央专项资金补助范围是：西部12个省(自治区、直辖市)和新疆生产建设兵团，中部10个省及辽宁省、山东省、福建省的部分贫困地区。
北京、天津、上海、江苏、浙江、广东6省、市及计划单列市的中小学危改工作和资金安排，以及建立危房改造投入保障机制，由当地政府负责。
中央专项资金补助的地区，省级政府要根据重新核定的D级危房改造任务和中央专项资金额度，核算完成任务需要承担的资金数额，并负责筹措落实，做好分年度预算。3部委根据各省制订的总体规划和省级政府筹措资金落实情况，按照不同渠道中央专项资金管理要求，分年度核定中央专项资金补助数。对于危房改造任务重、地方财力薄弱的县，中央和省级专项资金投入应不低于其改造现存D级危房工程资金总量的70％，其余部分由市、县两级政府负担。
中央专项资金和地方政府专项资金，要统一纳入各级财政国库，实行分账核算管理，统筹安排使用，确保专款专用。各级财政部门要根据工程实施进度，及时足额拨付项目资金。
对工程专项资金未实行分账核算管理、地方政府承诺资金不到位或弄虚作假、工程质量不合格的地区，3部委在分年度核定中央专项资金补助数时，将缓拨或核减甚至停拨中央专项资金。
五、中小学危房改造投入保障机制的主要内容
地方各级政府要以实施工程为契机，建立健全以地方政府投入为主、多渠道筹措资金的中小学危房改造投入保障机制，使今后中小学危房改造走上信息准确、责任分明、资金到位、管理有序的正常渠道。
(一)进一步明确政府在中小学危房改造工作中的责任和任务。地方各级政府要把维护、改造和建设中小学校舍纳入本地区社会事业发展和基础设施建设规划，合理制订危房改造总体规划和年度项目实施计划。
(二)落实危房改造保障措施，建立经常、稳定的中小学危房改造经费渠道。地方各级政府要把中小学校舍维护、改造和建设所需经费纳入政府预算，并且要在上级农村税费改革转移支付中，明确一定比例专项用于农村中小学危房改造。
地方各级政府要加强领导，对工程项目建设涉及的土地使用费、图纸设计费、地勘费、监理费等收费要严格执行有关政策，严禁以各种名义对工程项目高收费、乱收费。
