(七)负责南水北调工程(枢纽和干线工程、治污工程及移民工程)的监督检查和经常性稽察工作；具体承办南水北调工程阶段性验收工作。
(八)负责南水北调工程建设的信息收集、整理、发布及宣传、信访工作；负责南水北调工程建设中与外国政府机构、组织及国际组织间的合作与交流。
(九)承办国务院和国务院南水北调工程建设委员会交办的其他事项。
二、内设机构
根据上述主要职责，国务院南水北调工程建设委员会办公室内设6个职能机构。
(一)综合司。
组织起草南水北调工程建设有关法规草案和会议文件；组织研究、拟订南水北调工程建设有关政策和管理办法；组织实施机关有关规章制度；负责会议组织、文电管理、秘书事务、机要保密和档案管理等工作；组织南水北调工程建设有关信息、资料的收集、整理、发布和机关电子政务建设；组织南水北调工程建设的宣传，协调重大宣传活动；负责人民来信来访工作；组织协调南水北调工程建设中与外国政府机构、组织及国际组织间的合作与交流，协助有关方面为南水北调工程建设引进资金和技术；负责机关和直属单位机构编制、人事管理、工资和培训等工作；负责机关、直属单位外事和出国(境)人员的审查工作；负责机关及直属单位党风廉政建设工作；组织机关及直属单位的内部审计工作。承办机关党委的日常工作。
(二)投资计划司。
监督控制南水北调工程投资总量，监督工程建设项目投资执行情况；汇总南水北调工程年度开工项目及投资规模并提出建议；承办南水北调工程建设和直属基础设施建设年度投资计划的编制、下达和调整的有关具体工作；协调、平衡南水北调工程投资计划和工程进度；组织开展南水北调工程建设专题研究；审查并提出工程预备费项目和中央投资结余使用计划的建议；提出因政策调整及不可预见因素增加的工程投资建议；审查年度投资价格指数和价差；组织项目建设评价工作，管理基建投资统计工作；参与工程建设期间水量调度方案的编制和水量调度。
(三)经济与财务司。
协调、落实和监督南水北调工程建设资金的筹措、管理和使用；参与研究并参与协调中央有关部门和地方提出的南水北调工程基金方案和基金征收管理办法；审查并提出年度建设资金预算，经批准后组织实施；组织实施投资控制风险分析；参与南水北调工程经济运行机制和供水水价方案的研究；负责机关及直属事业单位部门预算编制、财务及资产管理工作。
