(三)综合查询功能。该项功能是外汇局、银行和进口单位用于查询进口报关单电子底账的操作情况，包括交单、核注结案以及留单返回等操作的详细信息。银行和外汇局在使用综合查询功能时，只能查询本部门业务员操作过的进口报关单历次操作信息。
(四)核注结案辅助信息功能。为方便银行和外汇局业务人员操作，提高核查效率，系统的核注结案界面增加了“单价×数量”、多项商品项下的“单价×数量总金额”以及“成交总价总金额”项目，辅助信息的电子底账无需与纸制进口报关单内容核对一致，只供业务操作人员在办理购付汇及核销手续时参考使用。
(五)留单返回功能。联网核查操作后，系统自动设置默认该份进口报关单为“留单返回”，只有选择“退单返回”方为退单状态。
三、外汇局超级金融IC卡问题。“中国电子口岸—进口付汇系统”仍保留外汇局超级核查功能。外汇局口岸系统操作员IC卡办理完毕后，如需要增设超级核查功能，需由总局通过中国电子口岸网进行功能授权。各省级外汇局将辖内分支局的IC卡超级核查功能申请汇总后，统一上报总局。每个分支局原则上只可申请1张IC卡的超级核查功能，对业务量大或有其他特殊情况需要增加超级核查功能的，需单独向总局申请。另外，外汇局要做好超级金融IC卡的管理工作，对相关业务人员调离、取消超级核查权限等情况，需逐笔报总局进行功能权限的取消。
四、中国电子口岸企业操作员IC卡的进口付汇权限问题。对于通过企业入网资格审查并由海关制发了电子口岸操作员IC卡的企业，可直接获得进口付汇权限，无需外汇局进行授权审核。对于已在中国电子口岸办理的出口收汇系统企业操作员IC卡，系统自动授予进口付汇操作权限，企业不需重新申请。
五、根据系统迁移的工作安排，2003年9月1日—10月4日为“中国电子口岸—进口付汇系统”及“进口报关单联网核查系统”的并行期间。在此期间，对一笔进口报关单办理多次付汇及核销业务的，相关的核注操作必须在同一个系统上进行，外汇局和银行应对有关业务严格审核、把关。
在此期间，中国电子口岸系统每日对两个系统的进口报关单核注结案情况进行两次比对，并于每天上午和下午将一份进口报关单在两个系统中重复操作的情况公布在“中国电子口岸—进口付汇系统”上，供外汇局查询下载。外汇局要对本部门及所辖银行操作的相关进口报关单比对信息认真进行核对，对发现的有关问题详细记录，留存有关原始单证，为事后相关数据调整做好准备工作。对在系统并行期间恶意做假导致超进口报关单金额购付汇及核销的套骗汇等不法行为，一经发现，外汇局应依照有关规定严肃查处。
六、外汇局和银行要认真学习《中国电子口岸—进口付汇系统操作指南》，熟练掌握各项操作功能，严格执行相关规定。同时，还要采取各种形式加强对此次系统迁移工作的宣传、解释工作，使进口单位及时了解系统迁移的目的、意义和各种注意事项，掌握相关技术和业务操作流程，避免因为系统迁移工作影响进口单位付汇和核销等各项正常业务的开展。
