第五十四条 每月初，二级及二级以下预算单位的财务部门应会同人事部门将应由财政发放的工资清单，逐级报主管单位审核、汇总；二级预算单位应于每月20日之前将所属预算单位工资清单报水利部；水利部填制《财政直接支付申请书》，连同各基层预算单位工资清单一并于每月25日之前报送财政部国库支付执行机构。
第五十五条 预算执行中，各单位发生增人增资、减人减资、正常工资变动及津贴、补贴变化等情况，水利部应在变动当月20日之前，将部机关行政人员工资变动情况和变动后的人员工资一并汇总报人事部。
二级及二级以下预算单位应将变动情况和变动后的工资清单逐级报主管单位审核、汇总；二级预算单位财务部门应会同人事部门审核、汇总所属各级预算单位工资变动情况及工资清单，并在发生变动的当月20日以前上报水利部；水利部经济调节司会同人事劳动教育司审核汇总后，在当月25日以前报财政部。
第三节 工程采购支出
第五十六条 工程采购支出是指建设单位采购设备、建筑安装工程、工程监理和设计等年度财政投资额超过 50万元人民币(含)的支出。
第五十七条 工程采购支出需要财政直接支付时，由预算单位依据批复的年度部门预算、分月用款计划、工程项目实际进度和有关支付凭证(属于政府采购范围的工程项目，还需要按财政部有关规定提供相关的政府采购文件)，按规定提出财政直接支付申请，并按财政部门的要求提供支付凭证。
本条所规定的支付凭证包括：工程承包合同、购(供)货合同或招标采购的中标供货合同等文件、票据的复印件、设备或材料采购清单、预付工程款支付凭证、经监理工程师签字的工程价款结算单(或支付月报)等文件、凭证的复印件及加盖单位公章的单位分月用款计划批复复印件。
第五十八条 财政直接支付原则上按月申请。预算单位直接支付申请应逐级上报主管单位审核；对预算单位手续齐全的财政直接支付申请，二级以下主管单位应于2个工作日内审核完毕后报二级预算单位及财政专员办审核，二级预算单位及财政专员办应于2个工作日内审核完毕并报水利部；水利部于2个工作日内汇总、审核完毕并报送财政部国库支付执行机构。
第五十九条 工程项目中的建筑安装工程、设备采购、工程监理费、土地出让金、新增建设用地有偿使用费，通过财政部国库支付执行机构直接支付到承包商、供货商、土地管理部门、税务部门及其他相关收款人。
第六十条 工程质量保证金的支付，按照合同有关条款，在保修期满后按规定程序支付给承包商等收款人。
第六十一条 有多项资金来源的项目，按照融资比例、工程进度支付财政性资金。预算单位在报送支付申请书的同时，还应出具各项资金到位情况的书面证明并经单位负责人、财务负责人签字并加盖公章。如果其他来源资金不能到位或到位比例低于财政性资金支付进度50％的，其财政性资金支付申请将暂缓或停止办理。
第六十二条 建设项目概算及财政预算的调整，要按原报程序审批。在调整申请未批复前，原则上暂停支付资金；在项目概算、预算调整正式批复后，按新的项目概算和预算调整支付计划，办理资金支付。
对由于政策性因素、水文、地质、工程塌方、异常自然灾害等不可预见的、不可抗力造成的超概算或超预算的情况，为确保项目的正常进度和实施，在申请概算或预算调整的同时，可由项目建设单位写明情况，按规定的支付程序逐级上报水利部，水利部作为特殊情况向财政部提出支付申请。
