(三)关于租赁进口货物减免税问题
符合内外资产业目录的投资项目租赁进口的设备，如设备最终产权属于国内项目单位，且设备属项目单位自用的，海关可凭审批部门出具的《国家鼓励发展的内外资项目确认书》办理项目备案和审批手续。
(四)关于进口税号8207项下模具的征免税问题
鼓励项目单独进口的税号8207项下的冲压模具，属于《外商投资项目不予免税的进口商品目录》及《
国内投资项目不予免税的进口商品目录》商品，一般应照章征税。
(五)关于外商投资企业减免税额度的核定问题
对于1998年1月1日以后批准的鼓励类项目，海关依据主管部门出具的《国家鼓励发展的内外资项目确认书》的用汇额度予以备案，对进口的所有设备及配套件、备件，不论是否免税，均需根据企业的申请出具《进出口货物征免税证明》并扣减用汇额度。对非鼓励类外商投资项目进口货物，海关不需出具《进出口货物征免税证明》。
(六)关于汇率变动引起用汇额发生变化的问题
《国家鼓励发展的内外资项目确认书》的用汇额度与实际进口成交币种不同，由于汇率变化引起进口货物的实际价格折算后超出减免税备案用汇额度的，海关可根据合同签定时的汇率调整用汇额度。其他减免税项目也可按此原则办理。
(七)鼓励项目进口的免税设备在项目结束后，设备仍在监管期内的，税收如何办理的问题设备继续在本企业使用的，可不予补税，海关继续监管至监管期结束；设备转让的，应按规定予以补税或经批准办理结转手续。
二、关于科教用品减免税问题
(一)免税科研机构的资格认定问题
1．申报科教用品免税资格的单位需向海关提供如下文件：(1)申请单位出具的书面申请；(2)文件规定的主管部门批准成立的文件；(3)事业单位需提供事业单位法人证书；(4)已转制为企业的需提供营业执照及相关文件。
2．鉴于军队单位不同于地方单位，对军事科研机构免于提供《事业单位法人证书》。
3．对因机构改革导致上级主管部门由原政府职能部门转变成国有大型企业集团公司的，其下属科研机构仍按文件要求予以认定。
4．对已转制的科研机构凭省、自治区、直辖市、计划单列市或国家有关主管部门的批准文件按照《海关总署关于科研机构转制后有关税收政策的通知》(署税[2000]111号)精神办理。
