基本农田保护工作应当在当地人民政府的统一组织领导下进行，切实把基本农田保护工作纳入政府重要议事日程。当前，要在过去工作基础上，根据新的规定和要求，着重做好基本农田保护区的调整划定和进一步建章立制工作，在基本农田的数量、质量、区位和管理制度等方面进一步落实保护措施。
土地行政主管部门侧重基本农田的数量保护，农业行政主管部门侧重基本农田的质量保护。各省(自治区、直辖市)要按照本通知要求，制订基本农田保护工作方案，对市(地)、县工作作出部署，提出要求。凡修编的县、乡级土地利用总体规划已依法批准的地区，应立即着手基本农田保护区的实地划区定界工作。县、乡级土地利用总体规划修编和审批工作没有完成的地区，要抓紧完成。基本农田保护区的调整划定与建章立制工作原则上要在今年年底，前完成。各地要在人员、物资、资金等方面为开展基本农田保护工作提供保障。
二、严格划定基本农田保护区，确保规划指标落到实处
各地在进行土地利用总体规划修编时，要层层分解落实国务院批准的《纲要》确定的基本农田保护指标，并通过县、乡级土地利用总体规划确定基本农田保护区。确定基本农田保护区时，要坚决纠正前一时期基本农田“划远不划近，划劣不划优”的做法，着重解决基本农田保护区与建设用地区、土地开垦区、禁止开垦区等其他类型土地利用区“接边”的问题。凡铁路、公路等交通沿线，城市和村庄、集镇建设用地区周边的耕地，以及
《条例》规定应当划入基本农田保护区的其他耕地，都应当依法优先划入基本农田保护区。
基本农田保护区确定后，应当进行实地划区定界，落实到地块。依据土地利用总体规划，实地踏勘，量算面积，明晰界址。并按照
《条例》规定设立基本农田保护标志，予以公告，尤其在交通沿线与城市和村庄、集镇周边地区要设立明显保护标志。
基本农田保护区划区定界后，要将基本农田保护资料、图件实地核实后，汇集成图；表、册，建立档案。乡(镇)土地利用现状图与有关基本农田保护区规划图或乡(镇)土地利用总体规划图要实行县、地、省三级备案，作为监督、检查、审核、补划、变更基本农田等的依据。
各省(自治区、直辖市)要按照国土资源部和农业部共同制定的验收办法(办法另行制定)，认真组织好基本农田划区定界的验收确认工作。国土资源部和农业部对各省(自治区、直辖市)验收确认情况进行检查，凡未达到规划指标，或只追求数量、不考虑质量，存在该划不划、弄虚作假行为的地区，不予通过，并要给予批评，限期改正。
