学术领导小组根据科学前沿发展趋势和项目研究计划执行情况，可对研究内容、研究队伍及经费分配方案提出调整建议，必要时增加新的课题和研究单位或中止对某些研究内容和承担单位的资助，经科学部及分管委主任批准后实施。
第二十条 项目主持人负责项目总体研究计划的实施，推动课题间的协作研究。每年至少召集一次学术交流和工作协调会议。负责向科学部报送项目研究工作年度报告、项目所属课题年度进展报告、项目中期进展报告、中期经费执行情况报告、项目及课题结题报告等。
课题负责人应围绕项目总体目标对课题研究计划实施及经费使用负责，做好与项目所属其他课题间的交叉与协同，负责撰写课题进展等相关报告并提交项目主持人。
第二十一条 重大项目在执行中进行中期评估。专家评估组由相关科学部专家咨询委员会部分成员、评审论证会部分专家和项目组以外学术领导小组成员等（包括管理专家）组成，就项目及课题的进展情况、项目后期的实施方案及经费调整提出咨询评估意见。科学部根据专家评估组评估意见，提出调整方案并上报分管委主任批准后实施。
第二十二条 自然科学基金委对重大项目实施动态管理，根据项目年度进展情况和中期评估结果，依照资助计划和调整方案按年度核准拨款。
第二十三条 重大项目资助经费根据批准额度按年度进行预算，逐年审核与拨付。经费使用和管理严格执行《国家自然科学基金资助项目经费管理办法》。经费拨至项目主持人和课题负责人依托单位。重大项目资助经费除用于课题研究工作的直接需要外，另留有部分经费用于课题间的交叉研究、进展情况突出课题的经费增拨、工作交流、评估等活动需要。
第二十四条 课题负责人的变更须通过依托单位，经项目主持人同意，由科学部审查，计划局复核，报分管委主任批准。
项目主持人变更，其更换人选由项目学术领导小组提出建议，科学部审查，计划局复核，报分管委主任批准。
项目主持人、课题负责人和具有高级专业技术职务的项目组成员，不得因申请新的重大、重点项目而退出正在承担的重大项目。
第二十五条 课题的中止须由项目学术领导小组提出，科学部审核，计划局、财务局复核，报分管委主任批准，所余经费纳入该项目经费。
