第十三条 根据《国家自然科学基金重大项目申请指南》，申请者可以在开展学术研讨的基础上联合组织重大项目的整体申请，也可针对指南某一研究方向单独提出课题申请。联合申请须填写国家自然科学基金重大项目申请书及所含课题申请书，单独申请须填写国家自然科学基金重大项目课题申请书。
第三章 评审和批准
第十四条 科学部对申请书初审后，按项目、课题研究内容组织同行评议，同行评议应有五份以上有效的评议意见，学科交叉申请应具有相关学科的有效同行评议意见。科学部汇总、综合分析同行评议意见，按择优原则提出召开评审论证会的建议，包括资助方案构架、申请者答辩名单、专家评审组组成等，经计划局复核后，送分管委主任批准。
第十五条 重大项目评审采取论证会方式，论证会前需完成下列工作：
（一）科学部对评审方案中承担过重大、重点项目的项目负责人，应在原项目验收结题的基础上，认真考核其项目的完成情况并提交书面报告供专家组参考；
（二）联合资助的重大项目，资助各方应签署协议书，明确研究内容与目标、各方投入经费的数额与方式、各方权利和义务等。协议书须商计划局，经政策局核准后签署，分管委主任批准后，送计划局、财务局备案。
第十六条 重大项目评审论证会，应就项目总体目标、研究方案、课题设置、研究队伍、工作基础、预期成果进行答辩和评审，以专家评审组记名投票、超过半数的方式通过确定评审结果并填写评审意见。
第十七条 评审论证会确定的项目主持人和课题负责人，应根据评审意见修改、完善研究方案，填写国家自然科学基金资助项目计划书（项目、课题）和编制经费预算，报送科学部审查，计划局复核。经费预算由财务局审核。
第十八条 自然科学基金委分管委主任受委务会委托审查评审意见及资助项目计划书（项目、课题），批准项目实施。自然科学基金委向项目主持人、课题负责人及其依托单位下达重大项目批准通知。重大项目、课题计划书及经费预算作为执行、检查和验收工作的依据。
第四章 实施与管理
第十九条 每个重大项目应推选出以项目主持人为首的学术领导小组并聘请项目组以外的专家参加。其主要职责是：发挥学术指导作用、促进交叉综合研究、推动国内外合作与交流。
