中央部门和单位要按照上述规定对本部门和单位行政事业性收费及政府性基金进行全面清理。凡是未按规定程序批准设立的行政事业性收费和政府性基金，必须立即取消；擅自扩大征收范围或者提高征收标准的，必须立即纠正。
五、严禁未经批准将行政事业性收费转为经营服务性收费管理
中央部门和单位应当按照《国家计委、国家经贸委、财政部、监察部、审计署、国务院纠风办关于印发＜
中介服务收费管理办法＞的通知》(计价格[1999]2255号)和财政部、原国家计委《关于
事业单位和社会团体有关收费管理问题的通知》(财规[2000]47号)等规定，严格区别行政事业性收费和经营服务性收费。中央部门和单位所属事业单位、社会团体和其他组织代行政府职能强制实施具有垄断性质的仲裁、认证、检验、鉴定收费，以及中央部门和单位授权或委托的事业单位根据法律法规和部门规章等规定开展各类强制性培训(包括面向社会和面向系统内部的培训)收取的培训费，不得作为经营服务性收费管理。
过去经财政部、原国家计委(原国家物价局)批准，目前已不再具有政府公共管理和公共服务性质，且体现市场经营服务特征的行政事业性收费，需要转为经营服务性收费的，必须按照规定程序报经财政部会同国家发展改革委批准。未经财政部会同国家发展改革委批准，有关部门和单位不得自行将行政事业性收费转为经营服务性收费，更不得将国家明令取消的行政事业性收费转为经营服务性收费继续收取。
六、加强中央部门和单位内部财务核算与审计监督
中央部门和单位要建立健全内部财务会计核算制度。各部门和单位的财务机构要统一负责管理本部门和本单位财务收支活动；各部门和单位所属事业单位取得的经营服务性收费，要按照国家有关财务会计制度规定进行核算和管理，并与行政事业性收费等政府非税收入分开核算；中央部门和单位要加强内部财务审计监督，及时纠正和查处各种违反“收支两条线”管理规定的行为，严禁私设“小金库”。
七、加大监督检查和处罚力度
财政部、国家发展改革委、监察部、审计署要按照职责分工，加强对中央部门和单位行政事业性收费等政府非税收入的监督检查，开展中央部门和单位行政事业性收费和政府性基金“收支两条线” 的专项检查和审计。对违反“收支两条线”管理有关规定的，要按照《
国务院关于违反财政法规处罚的暂行规定》(国发[1987]58号)和《
违反行政事业性收费和罚没收入收支两条线管理规定行政处分暂行规定》(国务院令第281号)等有关法律、行政法规进行处罚，并追究有关责任人员的行政责任。
