1．资料验收。主管税务机关接到企业的所得税申报表和有关资料后，应检查企业报送的资料是否齐全，如发现企业未按规定报齐有关附表、文件等资料，应责令限期补齐；对填报项目不完整的，应返回企业并责令限期补正。
2．实施处罚。企业未按规定期限办理年度所得税申报，且未经主管税务机关批准延期申报的，主管税务机关除责令其限期申报外，可按照征管法的规定处以2000元以下的罚款；逾期仍不申报的，可处以2000元以上1万元以下的罚款，同时发送《外商投资企业和外国企业所得税应纳税款核定通知书》，核定其年度应纳税额，责令其缴纳。
3．资料审核。对企业报送的有关资料，主管税务机关应就以下几个方面内容进行审核：
（1）审核企业所得税年度申报表及其附表与会计决算报表、中国注册会计师查账报告的数字是否一致，各项目之间的逻辑关系是否对应，计算是否正确，是否已按注册会计师查账报告对应纳税所得额、应纳税额作出调整；
（2）审核企业是否按规定结转或弥补以前年度亏损额；
（3）审核企业是否符合税收减免条件，包括对企业所得税和地方所得税的减免是否符合现行法律法规的规定，有无税务机关或地方政府的正式批文；企业所处减免税年度情况，何时应恢复征税；审核企业税前扣除的财产损失是否已报税务机关审批等；
（4）审核总机构汇总和外国企业营业机构合并申报所得税，其分支机构或各营业机构账表所记载涉及计算应纳税所得额的各项数据是否准确；
（5）审核企业已预缴所得税的完税凭证，确认其实际预缴的税额。
4．核发处理决定。主管税务机关应结合季度所得税申报表及日常征管情况，对企业报送的年度申报表及其附表和其它有关资料进行初步审核后，在5月底前，对应补缴所得税、应办理退税的企业发送《外商投资企业和外国企业汇算清缴涉税事项通知书》，并办理税款多退少补事宜。
5．总、分支机构协调管理。
（1）总机构或负责合并申报缴纳企业所得税的营业机构（以下简称汇缴机构）所在地主管税务机关，在接受企业年度所得税汇总或合并申报后，应于每年5月31日前为纳税人开具《外商投资企业和外国企业汇总或合并申报企业所得税证明》（见附件1）；企业所属各分支机构或营业机构（以下简称营业机构）应于每年6月30日前，将该证明及其年度申报表和会计报表送交其所在地主管税务机关。
（2）汇缴机构所在地主管税务机关，在对企业的汇总或合并申报资料进行审核时发现其所属营业机构的疑点，需要进一步核实的，可以向该企业的营业机构所在地主管税务机关发出《营业机构税务事项协查函》（附件2），该营业机构所在地主管税务机构应负责就协查事项进行调查核实，并将结果函复汇缴机构所在地主管税务机关。
（3）营业机构所在地主管税务机关在日常管理或税务检查中，发现营业机构有少报收入或多列成本费用等所得税的问题，应将有关情况及时向汇缴机构所在地主管税务机关发出《营业机构税务处理联络函》（见附件3）。
（4）营业机构所在地主管税务机关在按照
《办法》第
七条规定对营业机构就地征收税款或调整免税期所得或调整亏损额的，应及时将征收税款额及应纳税所得额调整额以《营业机构税务处理联络函》（见附件3）通知汇缴机构所在地主管税务机关，汇缴机构所在地主管税务机关应对企业应纳税所得额及应纳税总额作相应调整，并在应补（退）税额中减除已在营业机构所在地缴纳的税款额。
6．归档。各地主管税务机关应在每年7月15日前完成汇算清缴有关数据资料的档案管理工作。
（三）总结阶段。各地税务机关应在每年7月15日前完成汇算清缴工作的资料归档、数据统计、汇总以及总结等各项工作，并于7月31日前向国家税务总局报送汇算清缴工作总结及有关报表。工作总结的基本内容应包括：
1．基本情况及相关分析。（1）基本情况；主要包括税务登记户数、开业户数、应参加汇算清缴企业户数、实际参加汇算清缴企业户数、不参加汇算清缴的企业户数及其原因、盈利企业户数、盈利企业收入、利润总额、弥补以前年度亏损、应纳税所得额、应纳所得税额、减免所得税额、实际缴纳所得税额、亏损企业户数、亏损企业收入、亏损金额等内容；（2）主要指标分析和说明：主要分析企业的开业率、汇算清缴面、所得税预缴率、税收负担率、企业亏损面等指标；（3）企业盈亏情况分析：根据盈利企业户数、实际参加汇缴户数分析盈利面变化情况，包括当年度由亏损变为盈利的企业户数和由盈利变为亏损的企业户数并与上一年度进行对比分析，说明原因和分析趋势；分析盈利和亏损企业的销售收入、出口销售收入、成本、费用、未弥补亏损前利润总额、亏损总额等指标与上一年度的增减变化情况及原因、销售利润（亏损）率的升降情况等；（4）纳税情况分析：包括预缴率变化，所得税预缴、补税和退税，企业的免税、减半征税、全额征税户数、所得税减免金额以及税收负担等情况。
