化学药物产品结构调整的方向是，以作用机制新、疗效高、毒副作用小的产品替代疗效低、毒副作用大的产品。开发的重点是抗肿瘤药物、心血管系统药物，抗病毒感染药物、神经精神系统药物、降血糖药物、老年病药物等。
提高新药的研制能力和水平，努力发展组合化学、高通量筛选、合理药物设计；研究开发新药筛选和安全评价模型以及新的释药系统；研究药物作用新机制和新靶点；寻找新的先导化合物和天然产物来源的新化学实体或有效组分；研究手性药物制备技术。
引进国外先进制剂工艺技术，改进和开发新制剂、新剂型。重点加强各种口服释药系统（缓释、定速、定时、定位等），各种给药系统（透皮、靶向、粘膜、应答等），以及新型辅料的研究开发。开发和应用制剂超微粉碎和纳米技术。
加强新技术、新工艺、新设备的集成应用，尽快提高化学药物的生产工艺技术水平和产品质量，提高医药产品生产技术水平，特别在节能降耗、清洁生产、产品质量等关键技术环节应有大幅度提高。
二、大力发展中药研究开发和生产技术，加速中药现代化
中医药学是我国医学科学的特色，是我国优秀文化的组成部分。中药是中医保健、预防、治疗的重要手段。要正确处理继承与发展的关系，充分吸取其精髓，积极引入先进技术，推进研制、开发和生产工艺技术的现代化，以产品和工艺技术创新带动产业结构的调整。
重视中药资源的可持续发展。利用现代生物技术开展濒危、珍稀中药植物（动物）的繁育和种质资源的研究；加强具有显著环境与生态效益的中药植物研究与种植技术推广；加强野生药材变为家种家养研究，提高中药材的综合利用率；研究中药材的育种栽培、规范化种植、加工炮制以及贮存技术。
加强中药化学成分、活性成分、有效成分的基础性研究；重视源头创新，开展中药生物活性评价与临床疗效评价以及安全性评价的研究，建立高效、微量、快速的组分药药效筛选系统。
加强组方合理、疗效突出、特色明显的中药复方研究，促进新剂型工艺在复方中药研究中的应用，强化中药临床研究的监督审查，切实减少中药研制中的低水平重复。
重视中药提取、分离技术的自动化、智能化及相关仪器设备的研制开发；重视制药新技术的引进和自主创新，为中药现代化提供技术支撑。
加强中药质量标准、质量控制技术研究，建立和完善符合中药自身特点的中药（中药材、中药饮片、中药提取物、中成药）质量标准与质量控制系统。
充分发挥中医药特色优势，积极研究开发针对亚健康状态、重大疾病、老年疾病、慢性疾病、难治疾病等的保健、预防和治疗的现代中药。以具有疗效优势的中成药品种为基础进行技术创新，开发新产品，研制新品种。
