第二十五条 各行业主管司局及有关单位根据本行业中长期发展规划及投资重点，负责编制提出本行业年度投资计划建议，于每年8月底以前向发展计划司报送下一年度投资计划建议。
第二十六条 年度投资计划的下达。年度项目投资计划实行分批、集中、统一下达的方式，原则上每年不超过3批计划。各行业主管司局及直属单位要根据部常务会议批准的年度投资计划总体方案，分轻重缓急，合理安排年度项目计划，根据项目的建设进度，按发展计划司制定的统一计划表式，及时向发展计划司报送准备下达的项目投资计划表和具体说明，经发展计划司审核、平衡后，报部领导审批签发，统一用计字号文分批下达项目投资计划。
第二十七条 项目建设过程中因客观原因造成的超概算投资，须经发展计划司审核批准后，方可追加投资；建设过程中因申报漏项，自行变更建设性质、提高建设标准、扩大建设规模，以及管理不善等原因造成的超概算投资，由建设单位自行负责，一律不再追加投资。
第六章 招投标管理
第二十八条 农业基本建设招投标活动要严格按照《中华人民共和国招投标法》及国家其他有关招投标规定执行。
第二十九条 农业部发展计划司统一归口管理农业建设项目及设备采购的招投标工作。各行业主管司局负责管理本行业建设项目的招投标工作。
第三十条 招投标活动应当遵循公开、公平、公正和诚信原则。
第三十一条 招标分为公开招标和邀请招标。公开招标是指招标人以招标公告的方式邀请不特定的法人或者其他组织投标；邀请招标是指招标人以邀请书的方式邀请特定的法人或者其他组织投标。
第三十二条 大中型和限额以上项目及小型和限额以下项目中土建工程建筑面积在1000平方米（含1000平方米）以上的项目、设备购置投资在50万元（含50万元）以上的项目、或者项目总投资在100万元以上的项目，其施工单位的确定，工程建设主要材料、仪器、设备等的采购，必须进行公开招标；项目的勘察、设计、监理等服务费用在50万元以上的项目，也要以公开招标方式择优选择项目的勘察、设计、监理单位。
第三十三条 对确有特殊原因不宜进行公开招标或不宜进行招标的，经有关行业主管司局商发展计划司同意，可以进行邀请招标。
第三十四条 招标活动中的有效投标单位不得少于三家，少于三家的须重新组织招标。
第三十五条 项目招投标活动由建设单位组织进行，建设单位可根据需要委托招标代理机构开展招投标活动。
委托代理机构进行招标的，所选代理机构必须是依法设立、具有独立法人资格和相应招标代理资格、从事招标代理业务并提供相关服务的中介组织。
对部直属重点建设项目的招投标，可根据需要由发展计划司以合法程序组织或委托招投标。对全国性布局的多个相类似的项目中同类大宗仪器设备的采购，可根据需要由发展计划司会同有关行业主管司局统一组织，委托有关代理机构，以公开招标方式进行统一采购。
