乡镇卫生院的人员、业务、经费等由县级卫生行政部门按职责管理。完善乡村卫生服务管理一体化，强化乡镇卫生院对村卫生室的指导与监管作用，提高乡村卫生组织的综合服务能力。
三、健全卫生服务网络
要优化县（市）、乡、村卫生资源配置，调整农村卫生服务网络功能，改善服务质量，提高服务效率。乡镇卫生院和计划生育服务机构要按照职能，突出服务重点，资源共享，避免重复建设。乡镇卫生院以公共卫生、预防保健为主；计划生育服务机构以计划生育为主。要根据区域卫生规划和农民实际需求，调整乡镇卫生院布局。鼓励县（市）、乡、村卫生机构开展纵向业务技术合作。在农村卫生服务网络建设中，要注重发挥中医药的作用。
县级卫生机构要贯彻城镇医药卫生体制改革精神，落实对农村卫生技术指导的责任，发挥培训农村卫生人才的作用。县级预防保健机构要把预防保健工作深入到农村基层；县级医疗机构要承担乡村卫生机构的转诊，解决农民危重、疑难病症的诊治；县级卫生行政执法机构要根据卫生监督体制改革的精神和原则，充实力量，加大巡回监督力度。有条件的地区，可在乡镇派驻卫生监督执法人员，加强对农村公共卫生的监督和对卫生机构的监管。
乡镇卫生院要协助进行农村卫生执法工作。要坚持预防保健工作与医疗服务相结合，确保公共卫生工作的落实，提高基本医疗服务水平，尤其要增强产科、计划生育、急救等服务功能。在经济发达地区，乡镇卫生院可转向社区卫生服务职能。除乡中心卫生院之外，一般乡镇卫生院不向医院模式发展。
要加强村卫生室建设，使之能够为农民提供安全、方便的常见伤病诊治服务，并承担公共卫生和预防保健任务。
四、推进乡镇卫生院改革
乡镇卫生院要建立权责明确、民主管理、自我约束和自我激励的运行机制。要坚持公开、平等、竞争、择优的原则，在全县或更大范围内招聘作风好、懂技术、善管理的主治医师及以上职称的优秀人才担任乡镇卫生院院长，适当提高其待遇并将其工资和医疗保险单位缴费部分列入财政预算。要实行院长任期目标责任制，对不称职的乡镇卫生院长予以解聘。有条件的地区，可试行管理委员会领导下的卫生院长负责制。
乡镇卫生院要完善规章制度，加强医疗卫生服务质量管理和财务管理，引入竞争机制，降低运营成本，提高收费透明度，规范医疗行为，提高服务质量。推进人事、分配制度改革，全面实行聘用制，因事设岗，按岗聘人，竞争上岗，严格内部考核制度，采取激励机制，使人员收入与技术水平、服务态度和劳动贡献挂钩。
