至２０００年我国寄生虫病防治的总目标是：继续控制疟疾，实现基本消灭丝虫病，巩固和发展黑热病的防治成果，降低钩虫病等土源性蠕虫病、包虫病、带绦虫病和囊虫病、华枝睾吸虫病、肺吸虫病、旋毛虫病等的感染率和发病率。
１、疟疾：１９９５年年发病人数控制在１０万以内；到２０００年发病人数控制在５万以内，除海南、云南二省外，无当地传播的恶性疟病人。
２、丝虫病：１９９５年实现全国范围基本消灭丝虫病；到２０００年有１／３的流行县（市）消灭丝虫病。
３、黑热病：１９９５年发病人数较１９９０年减少５０％；到２０００年发病人数较１９９０年减少８０％。
４、钩虫病等土源性蠕虫病：到１９９５年１／４流行县开展防治，到２０００年钩虫病感染率比１９９０年下降５０％以上，蛔虫、鞭虫、蛲虫感染率相应下降４０％以上，并逐步扩大防治范围。
５、包虫病：１９９５年前查清分布范围和流行程度，在高发区开展防治试点研究；到２０００年有部分流行县得到控制。
６、肺吸虫病：１９９５年无集体发病；到２０００年无新发病人。
７、旋毛虫病：１９９５年缩小流行区范围；到２０００年减少和防止暴发流行。
８、其它寄生虫病：各地根据具体情况，开展阿米巴病、贾第虫病、弓形虫病等的调查研究和防治。
四、措施
１、各级卫生行政部门加强对寄生虫病防治工作的领导，继续抓紧疟疾、丝虫病、黑热病的防治及监测，并将危害严重的其它寄生虫病的防治提上议事日程，各种病种、各种人群的防治工作计划均应纳入全国的规划，统一领导，组织实施，有计划地开展防治。
２、进一步建立和健全寄生虫病防治机构。各省（自治区、直辖市）应设寄生虫病防治机构或科（室），地（市、州）、县（市）应在卫生防疫机构内设专业科（组）。要充实和稳定专业技术队伍，加强培训，提高各级（特别是基层）专业技术人员的素质。
３、各级卫生部门要与有关部门密切合作，协调一致地落实各项防治措施，如流动人口的疟疾管理，紧缺防治药械的生产供应等。
４、广泛深入地开展健康教育，提高群众的自我保健意识，改变不良的卫生和饮食习惯。
５、根据防治工作的需要，各级政府要相应地增加寄生虫病防治经费的投入，并多渠道筹集防治经费。
６、加强对寄生虫病防治中关键技术的科学研究。
７、充分发挥专家咨询组织的智囊、参谋、咨询作用。
