十五、第十六条改为第二十三条，增加一款，作为第一款：“国家对捕捞业实行捕捞许可证制度。”
第十六条第一款改为第二十三条第二款，修改为：“海洋大型拖网、围网作业以及到中华人民共和国与有关国家缔结的协定确定的共同管理的渔区或者公海从事捕捞作业的捕捞许可证，由国务院渔业行政主管部门批准发放。其他作业的捕捞许可证，由县级以上地方人民政府渔业行政主管部门批准发放；但是，批准发放海洋作业的捕捞许可证不得超过国家下达的船网工具控制指标，具体办法由省、自治区、直辖市人民政府规定。”
第十六条第二款作为第二十三条第三款。
增加一款，作为第二十三条第四款：“到他国管辖海域从事捕捞作业的，应当经国务院渔业行政主管部门批准，并遵守中华人民共和国缔结的或者参加的有关条约、协定和有关国家的法律。”
十六、增加一条，作为第二十四条：“具备下列条件的，方可发给捕捞许可证：
“（一）有渔业船舶检验证书；
“（二）有渔业船舶登记证书；
“（三）符合国务院渔业行政主管部门规定的其他条件。”
“县级以上地方人民政府渔业行政主管部门批准发放的捕捞许可证，应当与上级人民政府渔业行政主管部门下达的捕捞限额指标相适应。”
十七、第十七条改为第二十五条，修改为：“从事捕捞作业的单位和个人，必须按照捕捞许可证关于作业类型、场所、时限、渔具数量和捕捞限额的规定进行作业，并遵守国家有关保护渔业资源的规定，大中型渔船应当填写渔捞日志。”
十八、第十八条改为第二十六条，修改为：“制造、更新改造、购置、进口的从事捕捞作业的船舶必须经渔业船舶检验部门检验合格后，方可下水作业。具体管理办法由国务院规定。”
十九、增加一条，作为第二十七条：“渔港建设应当遵守国家的统一规划，实行谁投资谁受益的原则。县级以上地方人民政府应当对位于本行政区域内的渔港加强监督管理，维护渔港的正常秩序。”
二十、增加一条，作为第二十九条：“国家保护水产种质资源及其生存环境，并在具有较高经济价值和遗传育种价值的水产种质资源的主要生长繁育区域建立水产种质资源保护区。未经国务院渔业行政主管部门批准，任何单位或者个人不得在水产种质资源保护区内从事捕捞活动。”
