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新制度将原制度“药库药品”和“药房药品”科目合并为“药品”科目。调帐时，应将“药库药品”和“药房药品”科目余额合并转入“药品”科目。
５、“银行存款”和“专项存款”科目
新制度将原制度“银行存款”和“专项存款”科目合并为“银行存款”科目。调帐时，应将“银行存款”和“专项存款”科目余额合并转入“银行存款”科目。
６、“现金”科目
新制度也设置了“现金”科目，核算内容与原制度相同。调帐时，可将“现金”科目余额直接转帐或沿用旧帐。
７、“医疗支出”、“药品支出”、“制剂支出”和“管理费用”科目
新制度也设置了“医疗支出”、“药品支出”和“管理费用”科目，核算内容与原制度相同。由于“医疗支出”、“药品支出”和“管理费用”科目年末无余额，不存在调帐问题。
新制度没有设置“制剂支出”科目，而是将“制剂支出”并入“在加工材料”科目核算。由于“制剂支出”科目年末无余额，不存在调帐问题。
８、“待摊费用”科目
新制度也设置了“待摊费用”科目，核算内容与原制度相同。调帐时，可将“待摊费用”科目年末余额直接转帐或沿用旧帐。
９、“医疗应收款”科目
新制度将原制度“医疗应收款”科目分解为“应收医疗款”和“应收在院病人医药费”两个科目。调帐时，应将“医疗应收款”中，“出院病人欠费”和“门诊病人欠费”两个明细科目余额合并转入“应收医疗款”科目，将“在院病人医药费”明细科目余额转入“应收在院病人医药费”科目。
１０、“其他应收款”和“专项应收款”科目
新制度将原制度“其他应收款”和“专项应收款”科目合并为“其他应收款”科目。调帐时，应将“专项应收款”科目中对外投资部分转入“对外投资”科目；将“专项应收款”中用专项借款购建的固定资产部分冲减“专用基金－修购基金”科目；“专项应收款”科目其他部分和“其他应收款”科目余额合并转入“其他应收款”科目。
１１、“有价证券”科目
新制度将原制度“有价证券”科目改为“对外投资”科目，核算内容相同。调帐时，应将“有价证券”科目余额转入“对外投资”科目。
１２、“专项补助支出”和“专项补助”科目
新制度将原制度“专项补助支出”科目改为“财政专项支出”科目，核算内容相同。调帐时，应将该科目余额冲销专项补助。
新制度没有设置“专项补助”科目，而是将其并入“财政补助收入”科目核算。调帐时，应将调整后的“专项补助”科目余额转入“收支结余－财政专项补助结余”。
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