３．查出截留、侵占、隐瞒中央财政收入或上一级财政收入问题，除按照预算级次全部追缴入库外，并报财政部或上一级财政部门审核处理。
４．查出违反发票管理规定问题，按照《
中华人民共和国发票管理办法》的规定，除追缴其全部非法所得外，还要给予处罚。对虚开、伪造、非法出售、非法购买、盗窃增值税专用发票的，必须依法从重处罚。
５．查出隐瞒、截留、侵占应上缴财政的非税收收入问题，按照《
国务院关于违反财政法规处罚的暂行规定》，除追缴全部收入外，还要给予处罚。
６．查出违反财政法规，隐瞒、转移、减少国家资本金等问题，除按规定调整帐务外，还要处以相当于违纪数额２０％以下的罚款。
７．查出私设“小金库”问题，按照１９９５年清查“小金库”的有关政策进行处理。
８．查出亏损企业骗取财政补贴、虚报亏损等问题，除按规定调整帐务和如数扣减其财政补贴外，还要按照《
国务院关于违反财政法规处罚的暂行规定》给予处罚。
９．查出全额或差额预算管理的行政事业单位违反财经法纪问题，应收缴其违纪金额，由单位用经费包干结余或自有资金补缴财政。
１０．查出违反预算外资金管理规定问题，按照财政部、国家计委、审计署、中国人民银行、监察部发布的《关于清理检查预算外资金的实施办法》的有关规定进行处理。
１１．查出违反控制社会集团财买力管理规定的问题，按财政部、国家计委等七个部委发布的《关于违反控制社会集团财买力规定的处理暂行办法》处理。
１２．查出价格违法违纪问题，由价格监督检查机构按照有关法律法规进行处理。
１３．查出隐瞒虚报国有资产方面的问题，由国有资产管理部门或清产核资部门按照有关法律法规进行处理。
各级大检查办公室依照上述规定处理各种违反财经法纪问题时，可视其初犯或重犯、有意或无意以及违纪情节轻重和违纪金额大小等不同情况，在国家现行法律法规规定的罚款幅度内，酌情从轻或从重处罚；对查出按税法规定应由企业在年终进行纳税调整而在１９９６年年内多列支的业务招待费、计税工资、利息支出、捐赠、管理费等问题，一般可不作违纪罚款处理。
（三）大检查查出的各类违反财经法纪问题，应按照现行财务会计法规进行帐务调整。被查单位缴纳的罚款、滞纳金等，一律不得抵减应纳税所得额。对应由违纪责任人交付的罚款，一律由受罚人支付。
