在自查自纠的基础上，地、市以上各级清查工作领导机构对重点地区进行抽查。抽查要从具体项目、地块和单位入手，认真查台帐、查批地文件、查土地登记手续、查用地面积、查土地用途、查土地利用情况。抽查要深入基层，联系群众，广泛听取各方面意见，注重实地察看，掌握实情。
（三）整改建制和情况汇总阶段（９月１日－－１０月１５日）
省级清查工作领导机构结合本地区实际制定检查验收标准，组织验收工作。检查验收标准报国家土地管理局备案。地方各级清查工作及查处的情况，逐级报上级人民政府及清查工作领导机构。
各地通过清查工作，针对本地区存在的主要问题，按照清查工作的目标要求，研究制定深化土地管理制度改革、严格建设用地管理、切实保护耕地的措施，完善有关地方性法规、规章。在总结地方工作经验的基础上，进一步制定国家加强土地管理，切实保护耕地的措施，完善国家土地管理法律、法规。
四、清查工作组织领导
按照《通知》的要求，这次清查工作由各省、自治区、直辖市人民政府组织实施。国家土地管理局、监察部、建设部会同有关部门将组织联合执法检查。
为加强组织领导和监督检查，保证清查工作的落实，地方各级人民政府都要成立政府领导挂帅、有关部门负责人参加的清查工作领导机构。土地管理部门要抽调专人，成立专门工作班子。同时，各地要建立阶段工作报告、重大问题通报、典型案件督办、违法案件处理结果备案等制度。上级清查工作领导机构对下级的清查工作要经常督促检查。国家土地管理局将随时了解情况、检查工作。
这次清查，是《
土地管理法》颁布以来又一次全国范围的大规模非农业建设用地清查，涉及面广、工作量大、情况复杂、政策性强。各地要认真学习领会《通知》精神，充分认识这次清查工作的必要性和重要性，将其列入重要工作议事日程。各级土地管理部门主要领导同志要亲自抓，认真动员部署，精心组织实施。要加强对基层工作的指导和督促检查，帮助解决工作中遇到的困难和问题，并注意严格执法，把握政策界限。同时要争取各有关部门的支持和配合，积极发挥其职能作用，共同做好工作。
清查工作一定要突出重点，保证效果。特别要抓好违法案件的查处，防止重检查、轻处理的错误倾向。各地要采取有力措施，加大土地执法力度，处理一批大案要案。对违法批地、乱占滥用耕地严重，群众反映强烈的典型案件，要公开曝光，坚决依法从严查处。对清查期间边查边犯、顶风作案的，要从快从重处理。
