国家土地督察机构根据全国土地执法百日行动工作部署，全程参与监督检查，全面完成了百日行动各阶段的任务。在自查清理阶段，各派驻地方的国家土地督察局完成了对全国50多个地市、100多个县（区）的检查和抽查工作，审核汇总各省（区、市）自查清理数据，督促各地摸清三类土地违规违法问题的底数。在查处纠正阶段，深入土地违规违法现场，督促各地对清理出来的土地违规违法问题进行查处纠正；核实案件查处纠正情况，圈定土地违规违法重点地区和典型案件。在督察整改阶段，完成对全国12个土地违规违法重点地区和37个典型案件的监督检查，督促地方政府做好整改和查处工作，完善土地管理和执法监察制度。
全国土地执法百日行动遏制了土地违规违法行为上升的态势，取得了明显成效。全国共清理出三类违规违法案件3.1万多件，涉及土地336万多亩，截至2007年12月15日，立案查处2.67万件，立案率为85.3%。收缴罚没款19.2亿元，没收地面建筑物1468万平方米，拆除地面建筑物772万平方米，退还土地15万亩。各地移送纪检监察机关3788人，已给予党纪政纪处分2317人；移交司法机关2740人，已追究刑事责任337人。
五、督促落实耕地保护目标责任制
根据《
土地管理法》、《
土地管理法实施条例》和《
基本农田保护条例》，保护耕地是各级政府的法定职责，省、自治区、直辖市人民政府应当严格执行土地利用总体规划和土地利用年度计划，采取措施，切实保护本行政区域内耕地和基本农田。2005年10月，
国务院办公厅印发《省级政府耕地保护责任目标考核办法》（国办发〔2005〕52号），明确各省、自治区、直辖市人民政府对《全国土地利用总体规划纲要》确定的本行政区域内的耕地保有量和基本农田保护面积负责，省长、主席、市长为第一责任人。《国务院
关于加强土地调控有关问题的通知》（国发〔2006〕31号）规定：地方各级人民政府主要负责人应对耕地保有量、基本农田面积、土地利用规划和年度计划执行情况负总责。2007年，温家宝总理在政府工作报告中庄严宣布，保护好18亿亩耕地是不可逾越的“红线”。坚守18亿亩耕地“红线”，是中央作出的一项十分重大的战略决策，是各级人民政府的共同责任。
监督检查省级及计划单列市人民政府耕地保护目标责任落实情况是国家土地督察机构的基本职责。2007年，各派驻地方的国家土地督察局重点督促省级及计划单列市人民政府层层落实耕地保护目标责任制，加强对土地利用计划执行情况的检查。
