５．查出违反增值税专用发票管理规定的问题，除追缴其全部非法所得外，还应按照《
中华人民共和国发票管理办法》予以处罚。查出伪造、盗用、倒卖、涂改、转让、虚开代开增值税专用发票的，除缴销全部非法发票，追缴其全部非法所得，并处以罚款外，还应按规定追究有关单位领导人和直接责任人的法律责任。
６．查出企业和单位隐瞒、截留、侵占应交利润和收入的问题，除按规定补交利润和收入外，还应按照《
国务院关于违反财政法规处罚的暂行规定》予以处罚。
７．查出违反财务会计法规，隐瞒、转移、减少国家资本金等问题，除按规定调整帐务外，还应处以相当于违纪数额２０％以下的罚款。
８．查出私设“小金库”问题，自查出来的，按“小金库”资金的发生额上缴财政５０％（不再补交税、费、“两金”）；被查出来的，除将“小金库”资金发生额全部收缴财政外，还应处以相当于“小金库”资金发生额一至两倍的罚款。
９．查出亏损企业弄虚作假骗取财政补贴的问题，应如数收缴违纪金额或扣减财政亏损补贴，不得提取减亏分成。
１０．查出全额或差额预算管理的行政事业单位违反财经法纪问题，应收缴其全部违纪金额，由单位用经费包干结余或自有资金补缴财政。
１１．查出乱涨价、乱收费、乱罚款以及侵占、截留、挪用罚没收入问题，除责令其纠正违纪行为，收缴非法所得和应上缴财政的罚没收入外，还应按照财政、物价法规的有关规定予以处罚。
１２．查出价格违法违纪问题，交由各级价格监督检查机构依法进行处理。
１３．查出国有资产流失的问题，交由国有资产管理部门依法进行处理。
各省、自治区、直辖市和计划单列市大检查办公室，依照上述规定处理各种违反财经法纪的问题时，可视其初犯或重犯、有意或无意以及违纪情节轻重和违纪金额大小等不同情况，在国家现行财经法规规定的罚款幅度内，酌情处罚。
对企业和单位未按规定期限缴纳的，应从滞纳之日起，按日加收相当于滞纳税款２‰的滞纳金。
（四）大检查查出的各类违反财经法纪问题，应按照现行会计法规进行帐务调整。被查单位应纳的罚款、滞纳金以及没收“小金库”已支用资金等处罚金额，一律不得抵减应纳税所得额。对违纪责任人处罚的罚款，由受罚人支付。
