经办机构应建立健全内部控制制度，严格按照国务院公布的《
现金管理暂行条例》进行现金的收付和管理。
经办机构应及时办理基金存储手续，按月与开户银行对账，同时，经办机构、财政部门要定期对账，保证账账相符、账款相符。
暂付款项应定期清理，及时结清。
第三十三条 负债包括基金运行过程中形成的暂收款项等。暂收款项应定期清理，及时偿付。因债权人等特殊原因确实无法偿付的，经财政部门批准后作为基金的其他收入。
第三十四条 新农合提高统筹级次及其他特殊情况发生时，应当对本级基金进行清算。基金清算前应对基金的财务情况进行清理。基金清算时按照补偿参合农民医药费、支付定点医疗机构垫付的参合农民医药费、支付其他应付款项和暂存款项的顺序进行清偿。
基金清算后的余额和基金运行中形成的其他资产、未清偿的债务及有关资料一并转入指定的部门或单位。
第八章 基金决算
第三十五条 年度终了后，经办机构应根据国家统一的会计制度规定的表式、时间和要求编制年度基金财务报告。财务报告包括资产负债表、收支表、有关附表以及财务情况说明书。
财务情况说明书主要说明和分析基金的年度财务收支及管理情况；对本期或下期财务状况发生重大影响的事项；以及其他需要说明的事项。
编制年度基金财务报告必须做到数字真实、计算准确、手续完备、内容完整、报送及时。
第三十六条 经办机构编制的年度基金财务报告应在规定期限内经卫生行政部门审核并汇总，报同级财政部门审核后，由同级政府批准。批准后的年度基金财务报告作为基金决算。
第三十七条 卫生行政部门、财政部门应逐级汇总上报本级决算和下一级决算。经办机构的年度基金财务报告不符合法律、法规、制度规定的，应予以纠正。
第九章 监督与检查
第三十八条 经办机构要建立健全内部管理制度，定期或不定期向社会公告基金收支和结余情况，接受社会监督。
第三十九条 卫生行政部门、财政部门和审计部门等要定期或不定期地对财政专户、收入户和支出户的基金收支和结余情况进行监督检查，发现问题及时纠正，并向同级政府和基金监督组织报告。
