第二十四条 基金管理应遵循以收定支、收支平衡、略有结余的原则。
统筹基金累计结余一般应不超过当年筹集的统筹基金总额的25％，其中当年统筹基金结余一般应不超过当年筹集的统筹基金总额的15％（含风险基金）。
任何地区、部门、单位和个人不得动用基金结余进行任何形式的投资。
第二十五条 基金当年入不敷出时，按下列顺序解决：
（一）动用统筹基金历年结余中的存款；
（二）按程序申请动用风险基金；
（三）经统筹地区人民政府批准的其他资金渠道。
第六章 财政专户
第二十六条 本制度所称的财政专户是指统筹地区财政部门按规定在社会保障基金财政专户中设立的新农合基金专用计息账户。
统筹地区只能在国有或国有控股银行开设一个财政专户。
第二十七条 财政专户的主要用途是：接收参合农民个人缴费收入、农村医疗救助资助收入、集体扶持收入、政府资助收入、利息收入和其他收入；设立收入户的统筹地区，接收从收入户转来的收入；根据经办机构的用款计划，向支出户划拨基金或直接与定点医疗机构办理基金结算。
第二十八条 政府资助收入由财政部门从国库直接划入财政专户，农村医疗救助资助收入通过农村医疗救助资金财政专户直接划转到基金财政专户。
第二十九条 财政专户发生的利息收入直接计入财政专户，经办机构支出户的利息收入定期转入财政专户，财政部门凭银行出具的原始凭证记账。
第三十条 未经过经办机构收入户直接划入财政专户的收入，财政部门要出具财政专户缴款凭证，并附加盖专用印章的原始凭证复印件，交经办机构记账和备查。
第三十一条 从财政专户直接划拨到定点医疗机构的结算支出，应将支付凭证的其中一联或将支付凭证复印件加盖印章后交经办机构记账和备查。
第七章 资产与负债
第三十二条 资产包括基金运行过程中形成的现金、银行存款（含财政专户存款、收入户存款、支出户存款）、暂付款项等。
