（一）人大预算审批的程序规则缺失人大预算审批权的长期虚置首先恐应归因于人大预算审批程序的基本缺位。尽管《宪法》、《预算法》规定了人大有权对预算草案进行审查，但由于长期以来，在“重实体、轻程序”观念下，人们认为人民代表大会制只是实体法的组成部分，而非程序法所包括的内容，只要能得到公正的结果，关于程序怎么设计以及是否遵守程序，则无关紧要。[25]结果是自1954年第一届全国人大第一次会议召开后的35年中，全国人大一直是在无议事规则的状态下行使权力的。无论是《宪法》、《预算法》和其他相关法律、法规也都没有对人大审查预算草案的程序予以明确，这使得人大对预算草案进行审查的方式、步骤、顺序、时限均无矩可循。《预算法》关于预算审查和批准只有短短5个条文，只涉及各级政府预算草案由何主体审批，向何部门备案等实体问题，而对审查、批准的程序问题毫无涉及。这不能不说是《预算法》这一关于政府预算的基本法律的重大立法缺陷。
以全国人大对预算草案的审查为例，目前，关于人大审查预算草案的程序规定仅散见于《全国人民代表大会议事规则》（以下简称《议事规则》）和《全国人大常委会关于加强中央预算审查监督的决定》（以下简称《决定》），但这些规定的内容仍然过于简约。根据《议事规则》，中央预算的审查批准大致分为两阶段：（一）初步审查。全国人大会会议举行的1个月前，国务院有关主管部门应就国家预算及预算执行情况的主要内容，向全国人大财政经济委员会（以下简称人大财经委）和有关的专门委员会汇报，由财经委进行初步审查。[26]（二）大会会议审查。全国人大会会议期间，财经委根据各代表团和有关专门委员会的意见对中央及地方预算草案进行审查，并提出审查结果报告，主席团审议通过后，印发会议，并将关于国家预算和预算执行情况的决议草案提请大会全体会议表决。[27]上述规定只粗疏地规定了对预算草案分为初步审查和大会审查两大步骤，并对初审的时间做了规定，但是对初步审查和大会审查的具体方式、步骤、顺序与时限的规定仍是一片空白，缺陷明显。
首先，缺少对财经委、人大常委会预算工作委员会（以下简称预工委）预审的具体程序规定。
目前的人大议事规则通过财经委、预工委对预算草案的初步审查使人大对预算草案的实际审查提前，具有重要的实际意义。由于预工委、财经委具有较强的专业知识，并拥有对预算草案相对较为充裕的审查时间，目前我国人大对预算草案切使行使审查权主要就发生在初审阶段。但是，预工委和财经委的初审应采取何种方式进行审议，是否应经历一读、二读、三读程序，并无规定，公众旁听、辩论程序、听证程序等重要的听取意见的机制也付诸阙如。这使得财经委、预工委的初审在很大程度上处于无序化、随意化、神秘化的状态，既不利于初审的法制化与正规化，也不利于预算初审阶段的公众参与。此外，《议事规则》和《决定》目前并未对初审的法律后果予以明确，财经委、预工委审查后是仅有权提出修改建议还是有权对预算草案进行批准或否决?初步审查结果应向哪些对象进行送达?如果财经委、预工委提出修改建议，但政府部门拒绝修改该如何处理?目前均难找到相应的法律对策。
其次，目前人大会议期间对预算草案的审查、讨论程序匮乏，已有议事规则又先天不足，严重制约代表审议权力的行使。
一方面，我国目前的“两会”1年只开1次会议，每次会议又只有半个月左右，会议期间议题较多，代表能够阅读、审查财政预算草案的时间非常有限，在此情况下，很难对预算草案提出有价值的意见。如据《南方都市报》报导，今年的“两会”上，财政部在3月5日会议开幕日才向十一届全国人大二次会议提交了关于2008年中央和地方预算执行情况与2009年中央和地方预算草案的报告。在3月5日至3月7日3天时间里，代表们“3天要审3个报告”。据一位代表回忆，总理读报告花了半天时间，剩下的2天半，花一大半的时间评政府工作报告，因此，只有1天的时间看预算，最后半天的时间才能讨论。[28]在极短的会议期间内，在没有多方听取意见、进行辩论的基础上，对于具有高度专业性的预算案进行充分的审议，提出有价值的建议，几乎是不可能完成的任务。
