（2）侵权人因侵权行为获得的利益额。以该种方式认定“重大损失”也是司法实践中运用比较多的一种模式。不过，在具体计算利益数额时，各地司法机关所使用的方式又有所不同：一是以被告人因犯罪所获得的利润来认定“重大损失”。在上海邦捷科技有限公司、张曙贤等侵犯商业秘密案中，被告人生产、销售了78150公斤侵权产品，被告人销售侵权产品的单位毛利为8.04元每公斤，权利人同期的单位毛利为9.68元每公斤，据此，上海第一中级人民法院认定被告人的实际非法获利额为78150乘以被告人的单位毛利率8.04元每公斤，合计人民币628326元。[6]也有判决是以侵权人（第三人）的销售收入乘以同行业的平均利润率来认定“重大损失”。在陕西西安中级人民法院审理的裴国良侵犯商业秘密案中，被告人裴国良将权利人的商业秘密透露给中冶公司（第三人）使用，中冶公司据此获得了标的额达14856万元的合同。法院判决书中认定，起诉书以商业秘密的设计费来认定权利人遭受的经济损失至少为148万元是不正确的，由于中冶公司到底获得了多少利润通过现有财务账目无法确定，因此，可按照同行业该领域平均利润率为12%的专家评估意见计算，即标的额14856万元乘以12%的该领域的平均利润率，合计1782万元。
（3）商业秘密的价值。据判决显示，以商业秘密的价值来认定权利人重大损失的方式往往发生在被告人尚未生产出侵权产品或已生产出侵权产品但未实现销售的情况下应用的较为普遍。具体而言又有几种不同的方式，且不同的方式最终“重大损失”的数额差异也非常大。其一，商业秘密的自身价值。在郏杨斌侵犯商业秘密案中，法院认定：在缺乏证据证实被告人非法生产、加工装配ST2000型点钞机产品所获利润额的情况下，可以将该产品的专有技术普通使用权的价值作为权利人因被告人侵犯其商业秘密遭受的“重大损失。”其二，商业秘密的研发费用。在朱广河等侵犯商业秘密案中，商业秘密的研制费用1519296元被作为被害人的“重大损失”，值得一提的是，被侵权公司的降价损失927169元没有计入重大损失。[7]其三，商业秘密的许可使用费。在李明光等人侵犯商业秘密案中，被告人以盗窃手段获取了权利人的商业秘密并生产出产品。虽然判决书没有反映出被告人销售侵权产品的事实，但法院仍然认定：三名被告人盗用权利人的商业秘密并生产出产品，其侵犯商业秘密的行为给权利人造成了实际损失，但依据现有证据难以计算其实际损失的数额，因此，该商业秘密的许可使用费人民币300万元应当认定为权利人的“重大损失”。[8]
