同时应该注意到，即使是在美国，对WTO的后续发展，也存在强烈的不确定与担忧，在虑及到WTO会影响到其国内经济利益时，美国政治界便往往祭起国家主权这一被久违的法宝，反映在美国法与WTO法的关系上，美国《乌拉圭回合协定法》规定，《乌拉圭回合协定》与美国任何法律冲突时美国法优先，[12]这是美国实用主义哲学在立法中的体现{6}。
而在后续加入国，尤其以法制不发达的发展中国家，在加入WTO时，则国家立法的意志性较为彰显，自然性不足。因此其规制力须借国家的强力推进，是一种自上而下的造法运动，而非西方资本主义自发生成之秩序，因此世界贸易组织规制力，因其作用对象而有不同——前者沉潜而分散，后者突兀而集中，且时与成员方国内法律体制有扞格难通之冲突，制度摩擦的反制使规制力的作用效力存在差别，后者因为不存在融洽的国内制度准备，世界贸易组织规制力的直接作用受到减弱，表征为国际条约与国内法关系问题是一个较为重要的实践待解决的问题。[13]这是在考察WTO深层结构须要注意的重要方面。
WTO的深层，是一个充满矛盾的混合体，是政治、经济、法律关系博弈的内在动力。
中间层是在深层与表层之间的接近于达成共识的部分，是世界贸易组织法律渊源的形成层。一方面，中间层的机制必须维护体制的表层结构，即该体制的“表面样子”。[14]另一方面，中间层是联系深层与表层的中间桥梁。作为一种国际机制，中间层必须处理好世界贸易组织与各成员方的关系，从法律角度简言之，中间层必须解决问题的是，作为国际法规范的世界贸易组织如何影响各成员方的国家行为。如果从对法律体制的价值评判角度来考虑，这关涉到立法效率问题。立法效率在诸多法律体系中是一个具有宪法意义的价值{4}623，而在WTO体制，条约的订立过程缓慢而麻烦，当所调整的有关问题进处于国际经济或成员方国内经济快速发展时期，有关规则就有可能处于过时和不足的境地。WTO与各成员国的国内法关系初步完成了由“共处国际法”向“合作国际法”的过渡，在促进成员方之间法律与政策合作方面，WTO体制的立法理应更具效率；然而，在实证层次上，学者认为，WTO规则的修订程序严重不足，表现在对WTO协定（包括多边贸易协定）修改方面，《马拉喀什协定》第10条的规定条件太多，过于尊重成员方的国内主权：一方面要求修改须得到部长级会议一致同意或的多数同意，另一方面修改不具有改变“各成员权利和义务的性质”。与此对照的是《联合国宪章》第108、109条所规定的宪章修改程序，仅规定了一个由成员国2／3多数批准通过的条件，由此表明WTO法在处理其与成员方国内政治自主性的关系方面远比联合国更加现实，但结果则以制度的效率作为代价{4}623。
三、DSM的法律地位
世界贸易组织争端解决机制（DSM）被普遍认为是WTO体制加强法律功能的重要成果。[15]但对该争端解决机制的法律属性有不同认识。学者多有将其与司法程序相比的倾向，或直接将争端解决机构所受之争端解决权力名之为司法权{7}。笔者则认为，学界对其性质的认识尚存在偏误，争端解决机制的解决争端过程，应属于世贸组织在协调国际经贸关系国际制度中的一部分，它没有获得独立于世界贸易组织立法的地位。
